+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dpq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HIV-1 Protease D30N mutant | ||||||
![]() | Protease![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bihani, S.C. / Hosur, M.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for reduced cleavage activity and drug resistance in D30N HIV-1 protease. 著者: Bihani, S.C. / Gupta, G.D. / Hosur, M.V. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 69.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 21932.789 Da / 分子数: 1 / 変異: D30N, C95M, D1030N, A1095M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: pol / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 1-5% Saturated Ammonium Sulfate, 200 mM /100 mM Phosphate Citrate Buffer pH 6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.65→45.16 Å / Num. obs: 21751 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 19.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 24.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.581 / Num. unique obs: 3438 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3kt2 解像度: 1.65→45.16 Å / SU ML: 0.2041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.2743 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.16 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|