PDB-7dpj: H-Ras Q61L in complex with GppNHp (state 1) after structural tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dpj

タイトル

H-Ras Q61L in complex with GppNHp (state 1) after structural transition by humidity control

要素

GTPase HRas

キーワード

ONCOPROTEIN / State transition / Ras

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase C activator activity / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of miRNA metabolic process / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan ...phospholipase C activator activity / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of miRNA metabolic process / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / adipose tissue development / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / EPHB-mediated forward signaling / Signaling by FGFR1 in disease / myelination / GRB2 events in ERBB2 signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway / CD209 (DC-SIGN) signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of GTPase activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / small monomeric GTPase / VEGFR2 mediated cell proliferation / regulation of actin cytoskeleton organization / animal organ morphogenesis / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / positive regulation of MAP kinase activity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cellular response to gamma radiation / G protein activity / Regulation of RAS by GAPs / positive regulation of type II interferon production / endocytosis / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / chemotaxis / GDP binding / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / DAP12 signaling / insulin receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.976 Å

データ登録者

Taniguchi, H. / Matsumoto, S. / Miyamoto, R. / Kawamura, T. / Kumasaka, T. / Kataoka, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Oncogenic mutations Q61L and Q61H confer active form-like structural features to the inactive state (state 1) conformation of H-Ras protein.
著者: Matsumoto, S. / Taniguchi-Tamura, H. / Araki, M. / Kawamura, T. / Miyamoto, R. / Tsuda, C. / Shima, F. / Kumasaka, T. / Okuno, Y. / Kataoka, T.

履歴

登録	2020年12月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dpj.cif.gz	54.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dpj.ent.gz	34.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dpj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dpj_validation.pdf.gz	748.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dpj_full_validation.pdf.gz	749.2 KB	表示
XML形式データ	7dpj_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	7dpj_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dpj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dphC 3k8yS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xj0-d 3k9n-d 6zl3-d 2lcf-d 3tgp-d 5b30-d 3rs3-d 1plj-d 1jah-d 3v4f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (50) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (49) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (5) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (6) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (6) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (2) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (50)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (49)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (4)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (5)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (6)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (6)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPase HRas

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.844, 91.844, 121.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- MG
2	1	A-203- CA
3	1	A-205- CA
4	1	A-329- HOH
5	1	A-330- HOH
6	1	A-353- HOH
7	1	A-363- HOH
8	1	A-365- HOH

#1: タンパク質	GTPase HRas / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras 分子量: 19271.676 Da / 分子数: 1 / 変異: Q61L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400, SODIUM ACETATE, CALCIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.976→45.93 Å / Num. obs: 14025 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 37.5
反射シェル	解像度: 1.976→2 Å / R_merge(I) obs: 0.462 / Num. unique obs: 1677

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3k8y

3k8y

解像度: 1.976→45.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 3.12 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	1408	10.039 %
R_work	0.1895	12617	-
all	0.193	-	-
obs	-	14025	99.915 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.144 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	-0.001 Å²	0 Å²
2-	-	-0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.009 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.976→45.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1258	0	37	65	1360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	1.686	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.275	1.591	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.203	5	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.367	23.333	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.558	15	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.432	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.208	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.312	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.214	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.296	2.433	665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.294	2.431	664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.118	3.64	830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.117	3.642	831
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.609	2.521	652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.611	2.522	650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.609	3.72	962
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.612	3.72	960
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.407	27.324	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.27	27.249	1407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.976-2.027	0.22	106	0.206	923	X-RAY DIFFRACTION	99.2285
2.027-2.083	0.28	99	0.199	883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.083-2.143	0.259	84	0.194	887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.143-2.209	0.22	98	0.182	852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.282	0.242	100	0.19	804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.282-2.362	0.203	81	0.181	808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.362-2.451	0.222	91	0.181	761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.451-2.55	0.237	86	0.181	747	X-RAY DIFFRACTION	99.8801
2.55-2.664	0.243	75	0.186	720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.664-2.793	0.219	71	0.186	688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.793-2.944	0.225	75	0.199	640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.944-3.122	0.25	70	0.193	617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.122-3.338	0.242	66	0.189	592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.338-3.604	0.192	64	0.18	528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.604-3.947	0.203	51	0.184	513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.947-4.411	0.199	51	0.16	459	X-RAY DIFFRACTION	100
4.411-5.09	0.184	49	0.171	407	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-6.224	0.255	38	0.225	344	X-RAY DIFFRACTION	100
6.224-8.764	0.202	37	0.211	274	X-RAY DIFFRACTION	100
8.764-45.93	0.208	16	0.242	170	X-RAY DIFFRACTION	98.4127

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)