PDB-7dp4: Crystal structure of wild type Brugia malayi thymidylate synthase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dp4

タイトル

Crystal structure of wild type Brugia malayi thymidylate synthase complexed with 2'-deoxyuridine monophosphate and methotrexate

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / THYMIDYLATE SYNTHASE / NUCLEOTIDE SYNTHASE / METHYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Brugia malayi (マレー糸状虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Keyunratsami, K. / Nualnoi, T. / Wongkamchai, S. / Songsiriritthigul, C. / Chen, C.-J. / Canyuk, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic investigation and inhibition of Brugia malayi thymidylate synthase by a folate analog
著者: Keyunratsami, K. / Nualnoi, T. / Wongkamchai, S. / Songsiriritthigul, C. / Chen, C.-J. / Canyuk, B.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dp4.cif.gz	86.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dp4.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dp4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dp4_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dp4_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7dp4_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	7dp4_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dp4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dp5C 7dp6C 1hvyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bze-1 6x7o-d 1z89-d 2iqd-d 5jgw-2 3v36-d 4ez8-d 6bnn-d 4ys1-d 3oki-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.434, 81.434, 105.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Thymidylate synthase 分子量: 34522.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brugia malayi (マレー糸状虫) / 遺伝子: Bma-tyms-1.1, BM_BM7277 / プラスミド: PQE-30 XA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 [PREP4] / 参照: UniProt: A0A4E9EZW9, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.9 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月12日 / 詳細: DCM
放射	モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 65291 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 26.06
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique obs: 6480 / CC_1/2: 0.718 / CC star: 0.914 / R_pim(I) all: 0.331 / R_rim(I) all: 0.597 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HVY

1hvy

解像度: 1.5→25.855 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.213 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	3311	5.074 %
R_work	0.1767	61938	-
all	0.178	-	-
obs	-	65249	99.5 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.233 Å²	0.117 Å²	0 Å²
2-	-	0.233 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.757 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.855 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2298	0	73	283	2654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.297	1.661	3399
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.342	1.59	5294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.459	5	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.262	21.678	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.441	15	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.075	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	981
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.384	2.515	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.372	2.511	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.255	3.765	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.256	3.765	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.82	2.769	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.82	2.771	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.882	4.043	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.881	4.046	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.202	30.86	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.023	30.173	2905

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.536	0.294	240	0.261	4489	X-RAY DIFFRACTION	98.1935
1.536-1.578	0.276	222	0.24	4439	X-RAY DIFFRACTION	99.9785
1.578-1.624	0.265	226	0.227	4318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.624-1.674	0.24	245	0.22	4173	X-RAY DIFFRACTION	100
1.674-1.728	0.235	198	0.213	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.728-1.789	0.232	212	0.21	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.857	0.222	187	0.204	3845	X-RAY DIFFRACTION	99.9504
1.857-1.932	0.199	204	0.191	3673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.932-2.018	0.213	164	0.195	3516	X-RAY DIFFRACTION	99.8914
2.018-2.117	0.209	185	0.182	3361	X-RAY DIFFRACTION	99.9718
2.117-2.231	0.182	179	0.179	3204	X-RAY DIFFRACTION	99.9705
2.231-2.366	0.199	167	0.168	3024	X-RAY DIFFRACTION	99.8748
2.366-2.529	0.173	148	0.17	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.901
2.529-2.732	0.207	163	0.17	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.8235
2.732-2.992	0.169	133	0.169	2465	X-RAY DIFFRACTION	99.7313
2.992-3.344	0.183	141	0.17	2211	X-RAY DIFFRACTION	99.7033
3.344-3.86	0.165	106	0.16	1987	X-RAY DIFFRACTION	99.1473
3.86-4.724	0.16	98	0.133	1671	X-RAY DIFFRACTION	98.3324
4.724-6.666	0.183	59	0.178	1331	X-RAY DIFFRACTION	97.8184
6.666-10	0.187	34	0.187	684	X-RAY DIFFRACTION	85.8852

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)