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万見
- PDB-7dm4: Solution structure of ARID4B Tudor domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dm4
タイトルSolution structure of ARID4B Tudor domain
要素AT-rich interactive domain-containing protein 4B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ARID4B / interdigitated / Tudor / disorder region
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of Sertoli cell barrier / genomic imprinting / negative regulation of stem cell population maintenance / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell migration / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / NoRC negatively regulates rRNA expression / spermatogenesis ...establishment of Sertoli cell barrier / genomic imprinting / negative regulation of stem cell population maintenance / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell migration / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / NoRC negatively regulates rRNA expression / spermatogenesis / Potential therapeutics for SARS / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
AT-rich interactive domain-containing protein 4B / : / : / RBB1NT / RBB1NT (NUC162) domain / : / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily ...AT-rich interactive domain-containing protein 4B / : / : / RBB1NT / RBB1NT (NUC162) domain / : / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AT-rich interactive domain-containing protein 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ren, J. / Yao, H. / Hu, W. / Perrett, S. / Feng, Y. / Gong, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470747 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the DNA-binding activity of human ARID4B Tudor domain.
著者: Ren, J. / Yao, H. / Hu, W. / Perrett, S. / Gong, W. / Feng, Y.
履歴
登録2020年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT-rich interactive domain-containing protein 4B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9101
ポリマ－16,9101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11920 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 AT-rich interactive domain-containing protein 4B


分子量: 16910.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARID4B, BRCAA1, RBBP1L1, RBP1L1, SAP180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4LE39

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic13D CCH-TOCSY
1141isotropic13D HBHA(CO)NH
1101isotropic13D C(CO)NH
1111isotropic23D 1H-15N NOESY
1121isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1131isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.6 mM [U-13C; U-15N] ARID4B Tudor domain, 2 mM DTT, 2 mM EDTA, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N, 13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMARID4B Tudor domain[U-13C; U-15N]1
2 mMDTTnatural abundance1
2 mMEDTAnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.14 M / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 302 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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