[日本語] English
万見
- PDB-7dlz: Crystal Structure of Methyltransferase Ribozyme -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dlz
タイトルCrystal Structure of Methyltransferase Ribozyme
要素
  • RNA (45-MER)
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードTRANSFERASE/RNA / RNA / Methyltransferase / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Gan, J.H. / Gao, Y.Q. / Jiang, H.Y. / Chen, D.R. / Murchie, A.I.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2016YFA0500604 中国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2021
タイトル: The identification and characterization of a selected SAM-dependent methyltransferase ribozyme that is present in natural sequences
著者: Jiang, H.Y. / Gao, Y.Q. / Zhang, L. / Chen, D.R. / Gan, J.H. / Murchie, A.I.H.
履歴
登録2020年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
X: RNA (45-MER)
Y: RNA (45-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8886
ポリマ－75,8886
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.784, 80.176, 103.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...
21chain Y
12(chain A and (resid 8 or (resid 9 through 10...
22(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...
32(chain C and (resid 8 or (resid 9 through 10...
42(chain D and (resid 8 or (resid 9 through 10...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GGGG(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE11
121GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
131GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
141GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
151GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
161GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
171GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
181GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
191GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1101GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1111GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1121GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1131GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1141GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1151GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1161GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1171GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1181GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1191GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
1201GGCC(chain X and ((resid 1 and (name O5 or name...XE1 - 451 - 45
211GGCCchain YYF1 - 451 - 45
112PROPROPROPRO(chain A and (resid 8 or (resid 9 through 10...AA88
122ASNASNHISHIS(chain A and (resid 8 or (resid 9 through 10...AA9 - 109 - 10
132GLUGLUTHRTHR(chain A and (resid 8 or (resid 9 through 10...AA5 - 1005 - 100
142GLUGLUTHRTHR(chain A and (resid 8 or (resid 9 through 10...AA5 - 1005 - 100
152GLUGLUTHRTHR(chain A and (resid 8 or (resid 9 through 10...AA5 - 1005 - 100
162GLUGLUTHRTHR(chain A and (resid 8 or (resid 9 through 10...AA5 - 1005 - 100
212PROPROILEILE(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 218 - 21
222LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB22 - 2322 - 23
232PROPROILEILE(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 948 - 94
242PROPROILEILE(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 948 - 94
252PROPROILEILE(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 948 - 94
262PROPROILEILE(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 948 - 94
312PROPROPROPRO(chain C and (resid 8 or (resid 9 through 10...CC88
322ASNASNHISHIS(chain C and (resid 8 or (resid 9 through 10...CC9 - 109 - 10
332THRTHRVALVAL(chain C and (resid 8 or (resid 9 through 10...CC6 - 1026 - 102
342THRTHRVALVAL(chain C and (resid 8 or (resid 9 through 10...CC6 - 1026 - 102
352THRTHRVALVAL(chain C and (resid 8 or (resid 9 through 10...CC6 - 1026 - 102
362THRTHRVALVAL(chain C and (resid 8 or (resid 9 through 10...CC6 - 1026 - 102
412PROPROPROPRO(chain D and (resid 8 or (resid 9 through 10...DD88
422ASNASNHISHIS(chain D and (resid 8 or (resid 9 through 10...DD9 - 109 - 10
432GLUGLUVALVAL(chain D and (resid 8 or (resid 9 through 10...DD5 - 1025 - 102
442GLUGLUVALVAL(chain D and (resid 8 or (resid 9 through 10...DD5 - 1025 - 102
452GLUGLUVALVAL(chain D and (resid 8 or (resid 9 through 10...DD5 - 1025 - 102
462GLUGLUVALVAL(chain D and (resid 8 or (resid 9 through 10...DD5 - 1025 - 102

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A


分子量: 11740.739 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#2: RNA鎖 RNA (45-MER)


分子量: 14462.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 19768 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 51.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 84155
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.112.60.34318340.640.2230.4130.78689.2
3.11-3.232.70.27218230.9120.1770.3270.78990.1
3.23-3.383.20.23819150.9340.1390.2780.85893.9
3.38-3.563.50.22819320.9520.1270.2630.92694.7
3.56-3.784.20.18919790.9670.0950.2131.05197.2
3.78-4.074.40.1220320.9920.0590.1341.01498
4.07-4.484.80.09520260.9950.0460.1061.10598.7
4.48-5.124.90.07220440.9960.0340.081.03399
5.12-6.445.80.06220610.9960.0270.0680.93799.5
6.44-3060.04521220.9980.0190.0490.80399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1URN

1urn


解像度: 3.002→29.776 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 29.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 757 4.73 %
Rwork0.2121 15250 -
obs0.2147 16007 77.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.94 Å2 / Biso mean: 66.7836 Å2 / Biso min: 17.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.002→29.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2908 1915 0 0 4823
残基数----468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9377325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8682869
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11X1072X-RAY DIFFRACTION12.679TORSIONAL
12Y1072X-RAY DIFFRACTION12.679TORSIONAL
21A1464X-RAY DIFFRACTION12.679TORSIONAL
22B1464X-RAY DIFFRACTION12.679TORSIONAL
23C1464X-RAY DIFFRACTION12.679TORSIONAL
24D1464X-RAY DIFFRACTION12.679TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0023-3.23380.3618480.2659117530
3.2338-3.55880.31411300.244252265
3.5588-4.07270.27192060.2201364894
4.0727-5.12690.25361680.1958392499
5.1269-29.7760.24582050.20243981100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.0398 Å / Origin y: -21.7038 Å / Origin z: 23.8363 Å
111213212223313233
T0.3277 Å2-0.0847 Å2-0.0073 Å2-0.1964 Å2-0.0988 Å2--0.2942 Å2
L1.2608 °20.0858 °2-0.7366 °2-0.7211 °2-0.1084 °2--1.0775 °2
S0.106 Å °0.1091 Å °0.1465 Å °-0.319 Å °-0.0516 Å °0.1077 Å °-0.1325 Å °-0.2953 Å °-0.0489 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 94
3X-RAY DIFFRACTION1allC6 - 102
4X-RAY DIFFRACTION1allD5 - 102
5X-RAY DIFFRACTION1allX1 - 45
6X-RAY DIFFRACTION1allY1 - 45

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る