PDB-7dlx: crystal structure of H2AM4>Z-H2B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dlx

タイトル

crystal structure of H2AM4>Z-H2B

要素

Histone H2B,Histone H2A

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / histone / H2A mutant / H2A-H2B dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.395 Å

データ登録者

Dai, L.C. / Zhou, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Recognition of the inherently unstable H2A nucleosome by Swc2 is a major determinant for unidirectional H2A.Z exchange.
著者: Dai, L. / Xiao, X. / Pan, L. / Shi, L. / Xu, N. / Zhang, Z. / Feng, X. / Ma, L. / Dou, S. / Wang, P. / Zhu, B. / Li, W. / Zhou, Z.

履歴

登録	2020年11月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dlx.cif.gz	536 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dlx.ent.gz	444.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dlx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dlx_validation.pdf.gz	500.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dlx_full_validation.pdf.gz	535.3 KB	表示
XML形式データ	7dlx_validation.xml.gz	50.6 KB	表示
CIF形式データ	7dlx_validation.cif.gz	67.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dlx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wnnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zv9-d 3twv-3 7dlx-3 7dlx-5 3ask-4 7dlx-6 4xsq-1 6iuh-1 7dlx-8 7dlx-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (10) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Histone H2B,Histone H2A

B: Histone H2B,Histone H2A

C: Histone H2B,Histone H2A

D: Histone H2B,Histone H2A

E: Histone H2B,Histone H2A

F: Histone H2B,Histone H2A

G: Histone H2B,Histone H2A

H: Histone H2B,Histone H2A

180 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Histone H2B,Histone H2A

登録者が定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Histone H2B,Histone H2A

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22.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Histone H2B,Histone H2A

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4

D: Histone H2B,Histone H2A

登録者が定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Histone H2B,Histone H2A

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22.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Histone H2B,Histone H2A

登録者が定義した集合体
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7

G: Histone H2B,Histone H2A

登録者が定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Histone H2B,Histone H2A

登録者が定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.582, 73.237, 109.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histone H2B,Histone H2A 分子量: 22533.848 Da / 分子数: 8 / 変異: G177K/P179A/V180I/A190T/I193V / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimeric protein H2AM4>Z-H2B 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a) (パン酵母) 遺伝子: SCRG_00300, SCRG_00299 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B3LG63, UniProt: B3LG62
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Histone H2B,Histone H2A

分子量: 22533.848 Da / 分子数: 8 / 変異: G177K/P179A/V180I/A190T/I193V / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimeric protein H2AM4>Z-H2B
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a) (パン酵母)
遺伝子: SCRG_00300, SCRG_00299 / 発現宿主:

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B3LG63, UniProt: B3LG62

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M BIS-TRIS propane pH 7.0, 4M Sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 48153 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / R_merge(I) obs: 0.073 / Num. unique obs: 4899

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WNN

4wnn

解像度: 2.395→43.769 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2791	2458	5.1 %
R_work	0.2265	-	-
obs	0.2292	48153	75.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.395→43.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10799	0	0	57	10856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	10959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.504	14765
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.901	4154
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	1748
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1854

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3955-2.4415	0.3468	126	0.3139	2578	X-RAY DIFFRACTION	76
2.4415-2.4914	0.3274	151	0.3012	2585	X-RAY DIFFRACTION	79
2.4914-2.5455	0.3986	144	0.2839	2666	X-RAY DIFFRACTION	79
2.5455-2.6047	0.3528	146	0.2916	2618	X-RAY DIFFRACTION	79
2.6047-2.6699	0.3514	133	0.2729	2652	X-RAY DIFFRACTION	79
2.6699-2.7421	0.3639	158	0.2638	2602	X-RAY DIFFRACTION	78
2.7421-2.8227	0.3179	131	0.2613	2636	X-RAY DIFFRACTION	78
2.8227-2.9138	0.3019	154	0.258	2588	X-RAY DIFFRACTION	78
2.9138-3.0179	0.3368	157	0.2511	2591	X-RAY DIFFRACTION	77
3.0179-3.1387	0.3248	133	0.2476	2617	X-RAY DIFFRACTION	77
3.1387-3.2815	0.2594	141	0.2403	2551	X-RAY DIFFRACTION	77
3.2815-3.4545	0.2846	133	0.235	2576	X-RAY DIFFRACTION	76
3.4545-3.6708	0.282	133	0.2175	2542	X-RAY DIFFRACTION	75
3.6708-3.9541	0.2417	139	0.2053	2459	X-RAY DIFFRACTION	73
3.9541-4.3517	0.2357	135	0.2032	2476	X-RAY DIFFRACTION	73
4.3517-4.9806	0.2367	118	0.1897	2408	X-RAY DIFFRACTION	71
4.9806-6.2721	0.2718	126	0.2262	2427	X-RAY DIFFRACTION	71
6.2721-43.769	0.2666	100	0.2037	2123	X-RAY DIFFRACTION	60

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 114.665 Å / Origin y: -12.6318 Å / Origin z: 135.7108 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.238 Å²	-0.0088 Å²	0.004 Å²	-	0.2217 Å²	-0.0079 Å²	-	-	0.2421 Å²
L	0.1493 °²	-0.1519 °²	0.1229 °²	-	0.1573 °²	0.0288 °²	-	-	0.2676 °²
S	0.0132 Å °	-0.0521 Å °	-0.0349 Å °	-0.031 Å °	0.0084 Å °	0.0143 Å °	-0.0247 Å °	0.031 Å °	0.0224 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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