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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dlk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of veratryl alcohol bound Dye Decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis | ||||||
![]() | Deferrochelatase/peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dye-decolorizing peroxidase / ferredoxin like fold / Veratryl alcohol | ||||||
機能・相同性 | ![]() iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / membrane => GO:0016020 / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dhankhar, P. / Dalal, V. / Kumar, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of dye-decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis in complex with veratryl alcohol. 著者: Dhankhar, P. / Dalal, V. / Singh, V. / Sharma, A.K. / Kumar, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 478.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 389.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6kmmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 40235.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A6G2J275, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 9種, 1962分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/VOH.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/VOH.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-OXY / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-EPE / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 26% MPD, 0.05 M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.68 Å / Num. obs: 170472 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 3.38 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Num. unique obs: 23937 / CC1/2: 0.82 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6KMM 解像度: 2.1→45.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.509 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 200.94 Å2 / Biso mean: 49.41 Å2 / Biso min: 20.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→45.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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