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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dlk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of veratryl alcohol bound Dye Decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis | ||||||
要素 | Deferrochelatase/peroxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Dye-decolorizing peroxidase / ferredoxin like fold / Veratryl alcohol (ベラトリルアルコール) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / membrane => GO:0016020 / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Dhankhar, P. / Dalal, V. / Kumar, P. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021 タイトル: Structure of dye-decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis in complex with veratryl alcohol. 著者: Dhankhar, P. / Dalal, V. / Singh, V. / Sharma, A.K. / Kumar, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dlk.cif.gz | 478.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dlk.ent.gz | 389.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dlk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dlk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6kmmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 40235.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: efeB, GS595_16230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A6G2J275, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 9種, 1962分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-OXY / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-EPE / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 26% MPD, 0.05 M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9677 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.68 Å / Num. obs: 170472 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 3.38 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Num. unique obs: 23937 / CC1/2: 0.82 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6KMM 解像度: 2.1→45.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.509 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 200.94 Å2 / Biso mean: 49.41 Å2 / Biso min: 20.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→45.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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