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- PDB-7pkx: Crystal structure of a DyP-type peroxidase from Bacillus subtilis... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pkx | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of a DyP-type peroxidase from Bacillus subtilis in P3121 space group | ||||||||||||
![]() | Deferrochelatase/peroxidase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dye-decolorizing Peroxidase / Bacillus subtilis / phenolic compounds / protein crystallography / heme proteins | ||||||||||||
Function / homology | ![]() iron import into cell / Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Borges, P.T. / Rodrigues, C. / Silva, D. / Taborda, A. / Brissos, V. / Frazao, C. / Martins, L.O. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Loops around the Heme Pocket Have a Critical Role in the Function and Stability of Bs DyP from Bacillus subtilis . Authors: Rodrigues, C.F. / Borges, P.T. / Scocozza, M.F. / Silva, D. / Taborda, A. / Brissos, V. / Frazao, C. / Martins, L.O. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 237.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7pl0C ![]() 4grcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 45751.723 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A162R372, Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.05 M potassium phosphate monobasic and 15% (w/v) PEG 8K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 20, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.491→75.092 Å / Num. obs: 33961 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 61.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.168 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 10.37 |
Reflection shell | Resolution: 2.491→2.59 Å / Num. unique obs: 5374 / CC1/2: 0.306 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4GRC Resolution: 2.491→75.092 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.55 / Stereochemistry target values: LS_WUNIT_K1 Details: BsDyP refinement converged to Rwork and Rfree of 0.207 and 0.232, respectively using a Rfree test set size of 1.48 % (503 reflections). The final model was refined versus the full data, ...Details: BsDyP refinement converged to Rwork and Rfree of 0.207 and 0.232, respectively using a Rfree test set size of 1.48 % (503 reflections). The final model was refined versus the full data, resulting in R value of 0.1931.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 152.72 Å2 / Biso mean: 67.9682 Å2 / Biso min: 20 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.491→75.092 Å
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 6.217 / Type: TORSIONAL
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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