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- PDB-7dl8: Crystal structure of ALBA1 from Trypanosoma brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dl8
タイトルCrystal structure of ALBA1 from Trypanosoma brucei
要素ALBA-Domain Protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ALBA domain / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein UCP030333, DNA/RNA-binding Alba-related / Alba-like domain / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALBA-Domain Protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.459 Å
データ登録者Liao, S. / Gao, J. / Tu, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31500601 中国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of TbAlba1 from Trypanosoma brucei.
著者: Gao, J. / Xiao, C. / Liao, S. / Tu, X.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALBA-Domain Protein
B: ALBA-Domain Protein
C: ALBA-Domain Protein
D: ALBA-Domain Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0614
ポリマ－61,0614
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.028, 86.236, 211.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-211-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 11 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 11 and (name N or name...
31(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...
41(chain D and (resid 11 through 18 or (resid 19...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGARGARG(chain A and ((resid 11 and (name N or name...AA1111
12ASPASPALAALA(chain A and ((resid 11 and (name N or name...AA8 - 1268 - 126
13ASPASPALAALA(chain A and ((resid 11 and (name N or name...AA8 - 1268 - 126
14ASPASPALAALA(chain A and ((resid 11 and (name N or name...AA8 - 1268 - 126
15ASPASPALAALA(chain A and ((resid 11 and (name N or name...AA8 - 1268 - 126
21ARGARGARGARG(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB1111
22ARGARGTHRTHR(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB9 - 1259 - 125
23ARGARGTHRTHR(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB9 - 1259 - 125
24ARGARGTHRTHR(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB9 - 1259 - 125
25ARGARGTHRTHR(chain B and ((resid 11 and (name N or name...BB9 - 1259 - 125
31ARGARGPHEPHE(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC11 - 2311 - 23
32PHEPHEGLNGLN(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC25 - 6225 - 62
33GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC6363
34PROPROARGARG(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC10 - 11310 - 113
35PROPROARGARG(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC10 - 11310 - 113
36PROPROARGARG(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC10 - 11310 - 113
37PROPROARGARG(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC10 - 11310 - 113
38PROPROPROPRO(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC8484
39PROPROARGARG(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC10 - 11310 - 113
310PROPROARGARG(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC10 - 11310 - 113
311PROPROARGARG(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC10 - 11310 - 113
312PROPROARGARG(chain C and (resid 11 through 23 or resid 25...CC10 - 11310 - 113
41ARGARGTYRTYR(chain D and (resid 11 through 18 or (resid 19...DD11 - 1811 - 18
42ARGARGARGARG(chain D and (resid 11 through 18 or (resid 19...DD1919
43ARGARGTHRTHR(chain D and (resid 11 through 18 or (resid 19...DD11 - 12511 - 125
44ARGARGTHRTHR(chain D and (resid 11 through 18 or (resid 19...DD11 - 12511 - 125
45ARGARGTHRTHR(chain D and (resid 11 through 18 or (resid 19...DD11 - 12511 - 125
46ARGARGTHRTHR(chain D and (resid 11 through 18 or (resid 19...DD11 - 12511 - 125

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要素

#1: タンパク質
ALBA-Domain Protein


分子量: 15265.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: ALBA1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3L6KSX9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.459→50 Å / Num. obs: 23706 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.46→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2342 / CC1/2: 0.953

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: rosetta model

解像度: 2.459→43.118 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 1890 8.42 %
Rwork0.2379 41115 -
obs0.2399 23686 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.54 Å2 / Biso mean: 60.0264 Å2 / Biso min: 33.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.459→43.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3193 0 0 28 3221
Biso mean---57.24 -
残基数----431
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1112X-RAY DIFFRACTION9.758TORSIONAL
12B1112X-RAY DIFFRACTION9.758TORSIONAL
13C1112X-RAY DIFFRACTION9.758TORSIONAL
14D1112X-RAY DIFFRACTION9.758TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.46-2.490.38951410.33631526100
2.49-2.52280.29571440.31731553100
2.5228-2.55730.34211350.29451452100
2.5573-2.59380.38141410.30681540100
2.5938-2.63250.3451420.29551552100
2.6325-2.67370.3631310.30021499100
2.6737-2.71750.31081430.29081521100
2.7175-2.76440.28211450.29091565100
2.7644-2.81460.26121340.28851504100
2.8146-2.86870.35091370.29991497100
2.8687-2.92730.34781470.27491575100
2.9273-2.99090.34731390.28271490100
2.9909-3.06050.29121410.26971546100
3.0605-3.1370.32131340.27381490100
3.137-3.22180.28421430.25551519100
3.2218-3.31660.27331420.24941549100
3.3166-3.42360.31551420.24661520100
3.4236-3.54590.26411350.24651510100
3.5459-3.68780.24121450.23091540100
3.6878-3.85550.27631330.20981503100
3.8555-4.05860.2641390.22971536100
4.0586-4.31270.20661480.19841536100
4.3127-4.64530.19711410.19261523100
4.6453-5.11210.21081470.18891495100
5.1121-5.85030.29011370.25371527100
5.8503-7.36480.26791360.25191510100
7.3648-43.1180.18581370.2018153799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.0051 Å / Origin y: 17.2199 Å / Origin z: -23.4792 Å
111213212223313233
T0.4414 Å20.055 Å20.0032 Å2-0.3759 Å20.0235 Å2--0.3758 Å2
L0.3242 °2-0.191 °20.3481 °2-0.5577 °2-0.2853 °2--0.714 °2
S0.0389 Å °0.051 Å °-0.0147 Å °-0.0231 Å °-0.0463 Å °0.0275 Å °-0.0669 Å °0.0522 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA8 - 126
2X-RAY DIFFRACTION1allB9 - 125
3X-RAY DIFFRACTION1allC10 - 113
4X-RAY DIFFRACTION1allD11 - 125
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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