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- PDB-7dl7: The wild-type structure of 3,5-DAHDHcca -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dl7
タイトルThe wild-type structure of 3,5-DAHDHcca
要素3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / 3S / 5S-DAH
機能・相同性
機能・相同性情報


L-erythro-3,5-diaminohexanoate dehydrogenase / L-erythro-3,5-diaminohexanoate dehydrogenase activity / quinone reductase (NADPH) activity / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / NADPH binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cloacimonas acidaminovorans
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.30065812844 Å
データ登録者Liu, N. / Wu, L. / Zhu, D.M. / Zhou, J.H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Crystal Structures and Catalytic Mechanism of l-erythro-3,5-Diaminohexanoate Dehydrogenase and Rational Engineering for Asymmetric Synthesis of beta-Amino Acids.
著者: Liu, N. / Wu, L. / Feng, J. / Sheng, X. / Li, J. / Chen, X. / Li, J. / Liu, W. / Zhou, J. / Wu, Q. / Zhu, D.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
B: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
C: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
D: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
E: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
F: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
G: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
H: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,13553
ポリマ－313,2648
非ポリマー2,87045
水8,179454
1
A: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
F: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,08413
ポリマ－78,3162
非ポリマー76811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area27950 Å2
手法PISA
2
B: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
G: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,21416
ポリマ－78,3162
非ポリマー89814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
3
C: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
H: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,13115
ポリマ－78,3162
非ポリマー81513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
4
D: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
E: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7059
ポリマ－78,3162
非ポリマー3897
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area27820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.604, 89.889, 123.693
Angle α, β, γ (deg.)87.328, 70.970, 80.562
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
3,5-diaminohexanoate dehydrogenase / 3 / 5-DAHDHcca


分子量: 39158.012 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cloacimonas acidaminovorans (strain Evry) (バクテリア)
株: Evry / 遺伝子: kdd, CLOAM1348 / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌)
参照: UniProt: B0VJ11, L-erythro-3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 499分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris-HCl buffer (pH 7.5), 24% w/v PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 155611 / % possible obs: 97.67 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 39.4401440588 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 13.455
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.512 / Num. unique obs: 7443

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.30065812844→48.9754126335 Å / SU ML: 0.348231159542 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.95281299978 / 位相誤差: 30.3839184422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257135458701 7602 4.88912327639 %
Rwork0.225633498439 147886 -
obs0.227174200437 155488 97.3320813772 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.2471034037 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.30065812844→48.9754126335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21158 0 170 454 21782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001694031441821611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45470438940729073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04347271515023397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003065763316653756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.133887615317022
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3007-2.32680.3357110270212490.303022624994426X-RAY DIFFRACTION88.5416666667
2.3268-2.35420.3498501716722240.2992099077294950X-RAY DIFFRACTION96.6922070641
2.3542-2.38290.3260042350862450.3085423570274897X-RAY DIFFRACTION97.3126419379
2.3829-2.4130.3565098103252760.3029600698134943X-RAY DIFFRACTION97.6792064383
2.413-2.44480.3283267309712480.2901566553374950X-RAY DIFFRACTION97.5234521576
2.4448-2.47830.3270826504552380.2928410124754977X-RAY DIFFRACTION97.6408912189
2.4783-2.51370.3309497155342610.2936184239744912X-RAY DIFFRACTION97.5669558657
2.5137-2.55120.3300359866642150.2831661070995010X-RAY DIFFRACTION98.0300187617
2.5512-2.59110.3332969324962390.2814706690355025X-RAY DIFFRACTION97.9713381723
2.5911-2.63350.2923626252172220.2665842753145060X-RAY DIFFRACTION98.1966908347
2.6335-2.6790.3355249521262510.2776330774524864X-RAY DIFFRACTION97.8198508319
2.679-2.72770.3444241947582780.2702110080124936X-RAY DIFFRACTION97.3669467787
2.7277-2.78010.309850715292660.2739314886894866X-RAY DIFFRACTION97.0132325142
2.7801-2.83690.324138590112450.2734733735584804X-RAY DIFFRACTION94.0398584466
2.8369-2.89850.3124559402522620.2715689999774977X-RAY DIFFRACTION98.4034560481
2.8985-2.9660.3473145704192690.2666061055394962X-RAY DIFFRACTION98.3270676692
2.966-3.04010.3065441684822920.2694795178144903X-RAY DIFFRACTION98.1299584435
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3.9335-4.17980.2152436375352580.1861622213145023X-RAY DIFFRACTION99.1178678679
4.1798-4.50240.2168221405962290.1746728416975035X-RAY DIFFRACTION98.7802589604
4.5024-4.95510.1754866008462600.1688378582624967X-RAY DIFFRACTION98.0491465016
4.9551-5.67120.2106997169742410.1899053872884884X-RAY DIFFRACTION96.1899399399
5.6712-7.14150.2115115423752890.1965480834134914X-RAY DIFFRACTION97.8743416102
7.1415-48.9750.1805083721912740.1755238081654863X-RAY DIFFRACTION96.2706146927

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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