PDB-7dl3: The structure of 3,5-DAHDHcca complex with NADPH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dl3

タイトル

The structure of 3,5-DAHDHcca complex with NADPH

要素

3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / complex / NADPH

機能・相同性

L-erythro-3,5-diaminohexanoate dehydrogenase / L-erythro-3,5-diaminohexanoate dehydrogenase activity / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Cloacimonas acidaminovorans

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84606931637 Å

データ登録者

Liu, N. / Wu, L. / Zhu, D.M. / Zhou, J.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Crystal Structures and Catalytic Mechanism of l-erythro-3,5-Diaminohexanoate Dehydrogenase and Rational Engineering for Asymmetric Synthesis of beta-Amino Acids.
著者: Liu, N. / Wu, L. / Feng, J. / Sheng, X. / Li, J. / Chen, X. / Li, J. / Liu, W. / Zhou, J. / Wu, Q. / Zhu, D.

履歴

登録	2020年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dl3.cif.gz	671.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dl3.ent.gz	454.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dl3_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dl3_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7dl3_validation.xml.gz	60.1 KB	表示
CIF形式データ	7dl3_validation.cif.gz	87.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dl0C 7dl1C 7dl7SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dl7-4 3fnu-1 7dl1-2 7dl7-1 7dl3-2 7dl1-1 6y40-1 2aud-1 3fnu-2 7b15-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (3) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

B: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

C: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

D: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

C: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

D: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.594, 122.037, 114.645
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.847, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 1 through 121 or resid 123...	A	A	1 - 120	1 - 120
1	2	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 1 through 121 or resid 123...	A	A	123 - 182	123 - 182
1	3	VAL	VAL	SER	SER	(chain 'A' and (resid 1 through 121 or resid 123...	A	A	185 - 329	185 - 329
1	4	ILE	ILE	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 1 through 121 or resid 123...	A	A	331 - 350	331 - 350
2	5	MET	MET	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 1 through 121 or resid 123...	B	B	1 - 120	1 - 120
2	6	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 1 through 121 or resid 123...	B	B	123 - 182	123 - 182
2	7	VAL	VAL	SER	SER	(chain 'B' and (resid 1 through 121 or resid 123...	B	B	185 - 329	185 - 329
2	8	ILE	ILE	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 1 through 121 or resid 123...	B	B	331 - 350	331 - 350
3	9	MET	MET	ILE	ILE	(chain 'C' and (resid 1 through 121 or resid 123...	C	C	1 - 120	1 - 120
3	10	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 1 through 121 or resid 123...	C	C	123 - 182	123 - 182
3	11	VAL	VAL	SER	SER	(chain 'C' and (resid 1 through 121 or resid 123...	C	C	185 - 329	185 - 329
3	12	ILE	ILE	TYR	TYR	(chain 'C' and (resid 1 through 121 or resid 123...	C	C	331 - 350	331 - 350
4	13	MET	MET	ILE	ILE	(chain 'D' and (resid 1 through 121 or resid 123...	D	D	1 - 120	1 - 120
4	14	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'D' and (resid 1 through 121 or resid 123...	D	D	123 - 182	123 - 182
4	15	VAL	VAL	SER	SER	(chain 'D' and (resid 1 through 121 or resid 123...	D	D	185 - 329	185 - 329
4	16	ILE	ILE	TYR	TYR	(chain 'D' and (resid 1 through 121 or resid 123...	D	D	331 - 350	331 - 350

#1: タンパク質	3,5-diaminohexanoate dehydrogenase / 3 / 5-DAHDHcca 分子量: 39158.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cloacimonas acidaminovorans (strain Evry) (バクテリア) 遺伝子: kdd, CLOAM1348 / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌) 参照: UniProt: B0VJ11, L-erythro-3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 956 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.0M LiCl, 0.1M Tris-HCl buffer (pH 7.5), 12% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97917 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.846→50 Å / Num. obs: 126514 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.602839759 Å² / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 17.273
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 1.116 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6293 / R_pim(I) all: 0.503 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		data processing
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	1.11.1_2575	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7DL7

7dl7

解像度: 1.84606931637→47.7191948296 Å / SU ML: 0.207285483618 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35911005462 / 位相誤差: 23.6513829159
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228935031744	6325	5.07298684633 %
R_work	0.200814889566	118355	-
obs	0.202232064989	124680	96.9367127974 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.1006267445 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84606931637→47.7191948296 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10701	0	98	956	11755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00819344999503	10957
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.14713192913	14787
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0699870413359	1726
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00632272857796	1901
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.115542959	6737

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8461-1.867	0.322595013303	123	0.27096508416	2506	X-RAY DIFFRACTION	61.025998143
1.867-1.889	0.296173429125	186	0.267282709364	3523	X-RAY DIFFRACTION	87.6210725254
1.889-1.9121	0.299412026969	217	0.252930028153	3704	X-RAY DIFFRACTION	91.3347309574
1.9121-1.9363	0.289874323663	212	0.252674156016	3809	X-RAY DIFFRACTION	94.6340315368
1.9363-1.9617	0.302395375918	216	0.253366656443	3927	X-RAY DIFFRACTION	96.889616464
1.9617-1.9886	0.296559432271	233	0.245173766154	3946	X-RAY DIFFRACTION	97.9376611202
1.9886-2.017	0.272001130448	214	0.237858658387	4010	X-RAY DIFFRACTION	98.5534297713
2.017-2.0471	0.277813018506	208	0.238021527179	3985	X-RAY DIFFRACTION	97.4210037175
2.0471-2.0791	0.282096903488	224	0.236475821135	3960	X-RAY DIFFRACTION	98.6327204149
2.0791-2.1132	0.266894705222	210	0.228657186977	4036	X-RAY DIFFRACTION	99.0898483081
2.1132-2.1496	0.243338248063	224	0.218648341589	4019	X-RAY DIFFRACTION	99.1355140187
2.1496-2.1887	0.253534066758	221	0.218046787595	4021	X-RAY DIFFRACTION	99.4374120956
2.1887-2.2308	0.247717983369	244	0.220727526359	4004	X-RAY DIFFRACTION	99.0671641791
2.2308-2.2764	0.2482522743	218	0.215774374458	4023	X-RAY DIFFRACTION	99.413970933
2.2764-2.3259	0.277377790831	189	0.212666191028	4073	X-RAY DIFFRACTION	99.3473193473
2.3259-2.38	0.250945823538	214	0.209740733118	4018	X-RAY DIFFRACTION	99.6233521657
2.38-2.4395	0.223379592508	213	0.214281283099	4080	X-RAY DIFFRACTION	99.4440583739
2.4395-2.5054	0.269574740055	189	0.21819428331	4001	X-RAY DIFFRACTION	98.3106522759
2.5054-2.5791	0.253298933219	220	0.213841795051	4057	X-RAY DIFFRACTION	99.6505125815
2.5791-2.6624	0.243732595305	212	0.215613531244	4063	X-RAY DIFFRACTION	99.7200839748
2.6624-2.7575	0.253582849033	227	0.220468638324	4018	X-RAY DIFFRACTION	99.6245012908
2.7575-2.8679	0.238311462598	221	0.208634925417	4051	X-RAY DIFFRACTION	99.7897687456
2.8679-2.9984	0.266402900149	219	0.220538893781	4063	X-RAY DIFFRACTION	99.790258681
2.9984-3.1565	0.251906809813	211	0.213606421345	4111	X-RAY DIFFRACTION	99.7231195201
3.1565-3.3542	0.240291157471	177	0.20609642685	4012	X-RAY DIFFRACTION	98.0571161049
3.3542-3.6131	0.218005954559	206	0.189343568906	4082	X-RAY DIFFRACTION	99.7905515476
3.6131-3.9765	0.190411185438	241	0.169886537872	4048	X-RAY DIFFRACTION	99.7441860465
3.9765-4.5516	0.166107356894	203	0.143896467137	4113	X-RAY DIFFRACTION	99.5157943279
4.5516-5.733	0.13912355777	226	0.148860552875	4005	X-RAY DIFFRACTION	98.2126276695
5.733-47.7	0.157796759806	207	0.1578	4087	X-RAY DIFFRACTION	97.7019340159

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.4671390348 Å / Origin y: -4.31560291275 Å / Origin z: 28.8593914039 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0423658918604 Å²	-0.0241577098712 Å²	0.00108586758975 Å²	-	0.0455994039017 Å²	-0.00624020738072 Å²	-	-	0.0476112810533 Å²
L	-0.000197191546827 °²	0.0037176248189 °²	-0.00951311948858 °²	-	0.00586401443485 °²	0.00177292948381 °²	-	-	0.00788985879712 °²
S	-0.0232030574919 Å °	-0.0146776049383 Å °	0.019489810057 Å °	0.0341568189178 Å °	0.0236336784923 Å °	-0.0164858893044 Å °	0.0438777640993 Å °	-0.0204509236959 Å °	6.6E-14 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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万見 (Yorodumi)