[日本語] English
万見
- PDB-7dl1: The mutant E310G/G323S structure of 3,5-DAHDHcca complex with NADPH -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dl1
タイトルThe mutant E310G/G323S structure of 3,5-DAHDHcca complex with NADPH
要素3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / complex / NADPH
機能・相同性L-erythro-3,5-diaminohexanoate dehydrogenase / L-erythro-3,5-diaminohexanoate dehydrogenase activity / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Cloacimonas acidaminovorans
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Liu, N. / Wu, L. / Zhu, D.M. / Zhou, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2177020792 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Crystal Structures and Catalytic Mechanism of l-erythro-3,5-Diaminohexanoate Dehydrogenase and Rational Engineering for Asymmetric Synthesis of beta-Amino Acids.
著者: Liu, N. / Wu, L. / Feng, J. / Sheng, X. / Li, J. / Chen, X. / Li, J. / Liu, W. / Zhou, J. / Wu, Q. / Zhu, D.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
B: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
C: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
D: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,9516
ポリマ－156,4644
非ポリマー1,4872
水3,387188
1
A: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
C: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7194
ポリマ－78,2322
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area27730 Å2
手法PISA
2
B: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
D: 3,5-diaminohexanoate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2322
ポリマ－78,2322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.241, 127.874, 116.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.295, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETHISHIS(chain 'A' and (resid 1 through 11 or resid 13 through 351))AA1 - 111 - 11
12VALVALTYRTYR(chain 'A' and (resid 1 through 11 or resid 13 through 351))AA13 - 35013 - 350
23METMETHISHIS(chain 'B' and (resid 1 through 11 or resid 13 through 351))BB1 - 111 - 11
24VALVALTYRTYR(chain 'B' and (resid 1 through 11 or resid 13 through 351))BB13 - 35013 - 350
35METMETHISHIS(chain 'C' and (resid 1 through 11 or resid 13 through 351))CC1 - 111 - 11
36VALVALTYRTYR(chain 'C' and (resid 1 through 11 or resid 13 through 351))CC13 - 35013 - 350
47METMETHISHIS(chain 'D' and (resid 1 through 11 or resid 13 through 351))DD1 - 111 - 11
48VALVALTYRTYR(chain 'D' and (resid 1 through 11 or resid 13 through 351))DD13 - 35013 - 350

-
要素

#1: タンパク質
3,5-diaminohexanoate dehydrogenase / 3 / 5-DAHDHcca


分子量: 39115.977 Da / 分子数: 4 / 変異: E310G/G323S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cloacimonas acidaminovorans (strain Evry) (バクテリア)
遺伝子: kdd, CLOAM1348 / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌)
参照: UniProt: B0VJ11, L-erythro-3,5-diaminohexanoate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M LiCl, 0.1 M Tris-HCl buffer (pH 7.0), 11% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.715→50 Å / Num. obs: 41956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 45.971547396 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 14.182
反射 シェル解像度: 2.72→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 1.121 / Num. unique obs: 2097

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000data processing
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.72→26.7356531244 Å / SU ML: 0.337034135776 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35917437456 / 位相誤差: 25.587312232
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238780821475 1937 4.94966014208 %
Rwork0.192255300579 37197 -
obs0.194548456194 39134 93.2605690863 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.6587355884 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→26.7356531244 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10654 0 96 188 10938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044649352881510890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93944424603214693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05660451408731720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00456322758931885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.26652549086689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.78280.3173992841431030.2510702639591924X-RAY DIFFRACTION67.4766977364
2.7828-2.8580.3063368422581340.2497248905272163X-RAY DIFFRACTION77.2620248907
2.858-2.9420.3040582219361020.2590031948552375X-RAY DIFFRACTION83.5977050287
2.942-3.03680.2990408342871240.257423884442565X-RAY DIFFRACTION89.6632210737
3.0368-3.14520.3086469115071460.2553279670862635X-RAY DIFFRACTION93.1034482759
3.1452-3.27090.2824918300491340.2546039359042731X-RAY DIFFRACTION96.4321777179
3.2709-3.41950.278498188731550.2179616853692822X-RAY DIFFRACTION99.7654155496
3.4195-3.59940.242289312831530.2084430004452853X-RAY DIFFRACTION100
3.5994-3.82430.2470330716231400.1878440902652848X-RAY DIFFRACTION99.9665439946
3.8243-4.11860.2224286487081580.1844634701412851X-RAY DIFFRACTION100
4.1186-4.53130.1912191142591380.1501573446272846X-RAY DIFFRACTION99.9664991625
4.5313-5.18280.2147171989071390.1497241912182877X-RAY DIFFRACTION100
5.1828-6.51420.2093728519671570.1834482414842856X-RAY DIFFRACTION100
6.5142-26.735650.2051142076271540.1578904411232851X-RAY DIFFRACTION98.2026143791
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.5268881533 Å / Origin y: -5.00697541575 Å / Origin z: 29.3976773243 Å
111213212223313233
T0.25309344526 Å2-0.0436217010029 Å2-0.0365258277524 Å2-0.217151052631 Å2-0.0146548817823 Å2--0.246063005673 Å2
L0.640338734085 °2-0.0108185949815 °2-0.451427990197 °2-0.296264210194 °2-0.145923676764 °2--0.708857795935 °2
S0.0386451705774 Å °0.042109396942 Å °0.00359787041614 Å °0.00469228881901 Å °-0.0206514052329 Å °-0.0581939638183 Å °-0.118660617042 Å °0.0584609187078 Å °-0.00937726490875 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る