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- PDB-7dk2: Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW07 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dk2
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW07 Fab
要素
  • MW07 heavy chain
  • MW07 light chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Spike / RBD / Antibody / ADE / VIRUS / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, J. / Jiao, S. / Wang, R. / Zhang, J. / Zhang, M. / Wang, M. / Chen, S.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Architectural versatility of spike neutralization by a SARS-CoV-2 antibody
著者: Sun, Y. / Liu, F.J. / Guo, H.T. / Wang, J. / Wang, R. / Zhang, M. / Wang, M. / Chen, S.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Antibody-dependent enhancement (ADE) of SARS-CoV-2 infection requires FcgammaRIIB-mediated uptake of virus-antibody complex with bivalent interaction
著者: Wang, J. / Jiao, S. / Wang, R.
履歴
登録2020年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MW07 heavy chain
B: MW07 light chain
C: Spike protein S1
D: MW07 heavy chain
E: MW07 light chain
F: Spike protein S1
G: MW07 heavy chain
H: MW07 light chain
I: Spike protein S1
J: MW07 heavy chain
K: MW07 light chain
L: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,03316
ポリマ－289,14812
非ポリマー8854
水2,540141
1
A: MW07 heavy chain
B: MW07 light chain
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5084
ポリマ－72,2873
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area27350 Å2
手法PISA
2
D: MW07 heavy chain
E: MW07 light chain
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5084
ポリマ－72,2873
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27340 Å2
手法PISA
3
G: MW07 heavy chain
H: MW07 light chain
I: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5084
ポリマ－72,2873
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
4
J: MW07 heavy chain
K: MW07 light chain
L: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5084
ポリマ－72,2873
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.730, 102.810, 163.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 221)
21(chain D and resid 1 through 221)
31chain G
41chain J
12(chain B and resid 1 through 213)
22chain E
32(chain H and resid 1 through 213)
42(chain K and resid 1 through 213)
13(chain C and (resid 336 through 524 or resid 601))
23(chain F and (resid 336 through 524 or resid 601))
33chain I
43(chain L and (resid 336 through 524 or resid 601))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLULYSLYS(chain A and resid 1 through 221)AA1 - 2211 - 221
211GLUGLULYSLYS(chain D and resid 1 through 221)DD1 - 2211 - 221
311GLUGLULYSLYSchain GGG1 - 2211 - 221
411GLUGLULYSLYSchain JJJ1 - 2211 - 221
112ASPASPGLUGLU(chain B and resid 1 through 213)BB1 - 2131 - 213
212ASPASPGLUGLUchain EEE1 - 2131 - 213
312ASPASPGLUGLU(chain H and resid 1 through 213)HH1 - 2131 - 213
412ASPASPGLUGLU(chain K and resid 1 through 213)KK1 - 2131 - 213
113CYSCYSVALVAL(chain C and (resid 336 through 524 or resid 601))CC336 - 52418 - 206
123NAGNAGNAGNAG(chain C and (resid 336 through 524 or resid 601))CM601
213CYSCYSVALVAL(chain F and (resid 336 through 524 or resid 601))FF336 - 52418 - 206
223NAGNAGNAGNAG(chain F and (resid 336 through 524 or resid 601))FN601
313CYSCYSVALVALchain III336 - 52418 - 206
413CYSCYSVALVAL(chain L and (resid 336 through 524 or resid 601))LL336 - 52418 - 206
423NAGNAGNAGNAG(chain L and (resid 336 through 524 or resid 601))LP601

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体
MW07 heavy chain


分子量: 23867.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体
MW07 light chain


分子量: 23296.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質
Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 25122.336 Da / 分子数: 4 / Fragment: Receptor Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% (w/v) polyethylene glycol 20000, 100 mM MES, pH 6.5, and 0.01 M TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 70845 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.22 / Χ2: 1.109 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 381223
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.115.50.9870130.7480.4461.0810.94198.6
3.11-3.235.40.73770210.8470.3390.8151.04898.7
3.23-3.385.20.56670790.880.2680.6291.03598.7
3.38-3.565.10.50170980.9250.2380.5571.08298.6
3.56-3.785.60.4270540.9190.190.4631.2298.5
3.78-4.075.50.25269810.980.1140.2781.14197.9
4.07-4.485.20.15470860.990.0720.1711.21798.3
4.48-5.135.50.12670810.990.0570.1391.17798.3
5.13-6.465.50.11870880.9910.0540.131.09898.3
6.46-505.40.07873440.9970.0380.0871.12699.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LZG, 6JJP

6lzg

6jjp


解像度: 3→46.468 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3039 3437 4.87 %
Rwork0.2577 67160 -
obs0.26 70597 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.15 Å2 / Biso mean: 49.9434 Å2 / Biso min: 6.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→46.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19262 0 56 141 19459
Biso mean--89.37 23.38 -
残基数----2503
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4107X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
12D4107X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
13G4107X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
14J4107X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
21B4036X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
22E4036X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
23H4036X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
24K4036X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
31C2743X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
32F2743X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
33I2743X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
34L2743X-RAY DIFFRACTION9.067TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3-3.04110.38121330.3423222182
3.0411-3.08460.38791360.3508270098
3.0846-3.13060.39571530.3337271899
3.1306-3.17950.40131490.3279263699
3.1795-3.23160.37131450.3268268499
3.2316-3.28730.42461390.3196270199
3.2873-3.34710.36261360.3092272299
3.3471-3.41140.37521320.308272798
3.4114-3.4810.34941550.308266799
3.481-3.55670.32971310.2903273098
3.5567-3.63940.37221150.3275270199
3.6394-3.73040.40141370.3558266598
3.7304-3.83120.36931270.2931269698
3.8312-3.94390.32711300.2527270498
3.9439-4.07110.30461320.2627268598
4.0711-4.21650.25281280.2283271598
4.2165-4.38520.24931380.1975270098
4.3852-4.58460.2061300.1899268798
4.5846-4.82610.22381150.1928274998
4.8261-5.12810.24871200.1884274199
5.1281-5.52350.22521820.197265598
5.5235-6.07830.24491440.2096271698
6.0783-6.95530.27561280.2193274899
6.9553-8.75330.23131470.2195277599
8.7533-46.4680.28461550.2324271796

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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