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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7djs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of isopiperitenol dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa complexed with NAD | ||||||
![]() | SDR family oxidoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / complex / NAD | ||||||
機能・相同性 | Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SDR family oxidoreductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhan, J.R. / Zheng, Y.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery and Engineering of Bacterial (-)-Isopiperitenol Dehydrogenases to Enhance (-)-Menthol Precursor Biosynthesis. 著者: Zhan, J.R. / Shou, C. / Zheng, Y.C. / Chen, Q. / Pan, J. / Li, C.X. / Xu, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5x8hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26812.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DY930_09865, F7O90_18305, FDK04_18370, IPC116_19850, IPC36_02985 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 100mM MES-imidazole pH 6.25, 30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 20% v/v PEG 500MME, 10% w/v PEG 20000 PH範囲: 6.25-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 100875 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 5009 / CC1/2: 0.952 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5X8H 解像度: 1.7→42.23 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.54 Å2 / Biso mean: 16.0461 Å2 / Biso min: 2.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→42.23 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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