PDB-7djs: Crystal structure of isopiperitenol dehydrogenase from Pseudomona...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7djs

タイトル

Crystal structure of isopiperitenol dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa complexed with NAD

要素

SDR family oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / complex / NAD

機能・相同性

Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Short chain dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhan, J.R. / Zheng, Y.C.

引用

ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2021
タイトル: Discovery and Engineering of Bacterial (-)-Isopiperitenol Dehydrogenases to Enhance (-)-Menthol Precursor Biosynthesis.
著者: Zhan, J.R. / Shou, C. / Zheng, Y.C. / Chen, Q. / Pan, J. / Li, C.X. / Xu, J.H.

履歴

登録	2020年11月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7djs.cif.gz	206.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7djs.ent.gz	163 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7djs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7djs_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7djs_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7djs_validation.xml.gz	46.4 KB	表示
CIF形式データ	7djs_validation.cif.gz	66.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/7djs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/7djs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x8hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cql-2 3enn-d 4uvi-d 4oxy-d 4cql-3 3p19-d 5cpb-1 1dfh-1 5jc8-d 6zzo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: SDR family oxidoreductase

B: SDR family oxidoreductase

C: SDR family oxidoreductase

D: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.201, 108.582, 124.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SDR family oxidoreductase / isopiperitenol dehydrogenase 分子量: 26812.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: DY930_09865, F7O90_18305, FDK04_18370, IPC116_19850, IPC36_02985 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A554HE32
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 100mM MES-imidazole pH 6.25, 30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 20% v/v PEG 500MME, 10% w/v PEG 20000 PH範囲: 6.25-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 100875 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 5009 / CC_1/2: 0.952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.17_3644	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X8H

5x8h

解像度: 1.7→42.23 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	5011	4.98 %
R_work	0.1611	95693	-
obs	0.1624	100704	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.54 Å² / B_iso mean: 16.0461 Å² / B_iso min: 2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→42.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6836	0	176	884	7896
B_iso mean	-	-	18.63	27.34	-
残基数	-	-	-	-	964

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.2371	163	0.1974	3089	3252	98
1.72-1.74	0.2355	183	0.1965	3101	3284	100
1.74-1.76	0.2269	153	0.1946	3201	3354	100
1.76-1.78	0.2273	160	0.1991	3151	3311	100
1.78-1.81	0.2322	160	0.1962	3178	3338	100
1.81-1.83	0.2434	172	0.1847	3132	3304	100
1.83-1.86	0.2222	168	0.181	3192	3360	100
1.86-1.88	0.2104	187	0.175	3112	3299	100
1.88-1.91	0.1812	154	0.1696	3190	3344	100
1.91-1.95	0.2009	172	0.1695	3152	3324	100
1.95-1.98	0.1906	169	0.1603	3148	3317	100
1.98-2.02	0.1751	156	0.1611	3181	3337	100
2.02-2.05	0.1854	157	0.1607	3170	3327	100
2.05-2.1	0.1851	176	0.1661	3169	3345	100
2.1-2.14	0.1934	148	0.1591	3174	3322	100
2.14-2.19	0.1952	172	0.1644	3168	3340	100
2.19-2.25	0.1911	175	0.1613	3198	3373	100
2.25-2.31	0.1891	161	0.1574	3180	3341	100
2.31-2.37	0.1856	136	0.1553	3200	3336	100
2.37-2.45	0.1847	160	0.1617	3198	3358	100
2.45-2.54	0.21	194	0.1585	3167	3361	100
2.54-2.64	0.201	179	0.162	3170	3349	100
2.64-2.76	0.2011	162	0.1636	3216	3378	100
2.76-2.91	0.1877	166	0.1632	3218	3384	100
2.91-3.09	0.1859	162	0.1565	3229	3391	100
3.09-3.33	0.1585	171	0.1564	3213	3384	100
3.33-3.66	0.1591	173	0.1512	3235	3408	100
3.66-4.19	0.1433	192	0.1416	3244	3436	100
4.19-5.28	0.1659	152	0.1385	3309	3461	100
5.28-42.23	0.1953	178	0.169	3408	3586	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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