ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | 1.15rc1_3423精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | Auto-Rickshaw | | 位相決定 | SHELXDE | | 位相決定 | Coot | | モデル構築 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.901→27.563 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.83 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2052 | 1703 | 9.95 % |
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Rwork | 0.1556 | 15412 | - |
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obs | 0.1606 | 17115 | 99.94 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 101.11 Å2 / Biso mean: 31.1712 Å2 / Biso min: 16.39 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.901→27.563 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 822 | 0 | 24 | 76 | 922 |
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Biso mean | - | - | 41.48 | 38 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 106 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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1.9012-1.9571 | 0.2538 | 144 | 0.2007 | 1329 | 100 | 1.9571-2.0203 | 0.2294 | 144 | 0.176 | 1242 | 100 | 2.0203-2.0925 | 0.2511 | 138 | 0.1744 | 1310 | 100 | 2.0925-2.1762 | 0.2302 | 146 | 0.162 | 1270 | 100 | 2.1762-2.2752 | 0.2169 | 148 | 0.1559 | 1281 | 100 | 2.2752-2.3951 | 0.1856 | 144 | 0.1473 | 1284 | 100 | 2.3951-2.5451 | 0.2146 | 141 | 0.1461 | 1281 | 100 | 2.5451-2.7414 | 0.1781 | 132 | 0.1561 | 1281 | 100 | 2.7414-3.017 | 0.1892 | 138 | 0.1558 | 1295 | 100 | 3.017-3.4528 | 0.1994 | 140 | 0.1526 | 1297 | 100 | 3.4528-4.3474 | 0.1772 | 138 | 0.1353 | 1278 | 100 | 4.3474-27.563 | 0.2234 | 150 | 0.1677 | 1264 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.2768 Å / Origin y: -16.8164 Å / Origin z: 8.8178 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1634 Å2 | -0.0093 Å2 | -0.0056 Å2 | - | 0.1715 Å2 | 0.003 Å2 | - | - | 0.1472 Å2 |
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L | 2.3984 °2 | 0.6071 °2 | -0.1395 °2 | - | 3.0281 °2 | -0.4629 °2 | - | - | 1.5965 °2 |
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S | 0.0857 Å ° | -0.1747 Å ° | -0.0148 Å ° | 0.1892 Å ° | -0.0929 Å ° | -0.1454 Å ° | 0.0255 Å ° | 0.0873 Å ° | 0.0151 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA6 - 202 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA301 - 302 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 75 | | | | | | |
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