PDB-7dis: Structure of the PfGrx1 with platinum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dis

タイトル

Structure of the PfGrx1 with platinum

要素

Glutaredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / REDOX ENZYME / TRX FOLD / GLUTATHIONE / Hg-SAD

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-disulfide reductase (glutathione) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / glutathione disulfide oxidoreductase activity / antioxidant activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Manickam, Y. / Sharma, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Interaction of metals with PfGrx1
著者: Manickam, Y. / Sharma, A.

履歴

登録	2020年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dis.cif.gz	57.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dis.ent.gz	43.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/7dis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/7dis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dikC 7dilC 7dimC 7dinC 7dioC 7dipC 7diqC 7dirC 7ditC 7diuC 7divC 7diwC 7dizC 7dj0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dio-d 7dil-d 4hjm-d 1bao-1 2f4y-2 1bri-2 7diw-d 1brn-2 1sjg-d 1a2p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutaredoxin

ヘテロ分子

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.492, 48.492, 82.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Glutaredoxin / Glutaredoxin 1 分子量: 12436.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0306300 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NLB2, protein-disulfide reductase (glutathione)
#2: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M amino acids, 0.1 M MOPS/HEPES sodium

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 17115 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1.417 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	13.3	0.628	467	1.026	1	100
1.93-1.97	13.6	0.511	442	1.075	1	100
1.97-2.01	13.6	0.402	457	1.124	1	100
2.01-2.05	13.5	0.365	443	1.134	1	100
2.05-2.09	13.6	0.327	474	1.264	1	100
2.09-2.14	13.5	0.26	443	1.321	1	100
2.14-2.19	13.7	0.22	455	1.345	1	100
2.19-2.25	13.7	0.198	466	1.397	1	100
2.25-2.32	13.7	0.171	463	1.378	1	100
2.32-2.39	13.9	0.139	460	1.4	1	100
2.39-2.48	13.6	0.126	443	1.385	1	100
2.48-2.58	13.8	0.111	479	1.361	1	100
2.58-2.7	13.8	0.092	456	1.41	1	100
2.7-2.84	13.8	0.075	468	1.416	1	100
2.84-3.02	13.7	0.063	470	1.428	1	100
3.02-3.25	13.9	0.053	473	1.52	1	100
3.25-3.58	13.7	0.044	466	1.542	1	100
3.58-4.09	13.7	0.037	478	1.696	1	100
4.09-5.16	13.3	0.038	493	1.904	1	100
5.16-50	12.2	0.042	530	2.12	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15rc1_3423	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
Auto-Rickshaw		位相決定
SHELXDE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.901→27.563 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2052	1703	9.95 %
R_work	0.1556	15412	-
obs	0.1606	17115	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.11 Å² / B_iso mean: 31.1712 Å² / B_iso min: 16.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.901→27.563 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	822	0	24	76	922
B_iso mean	-	-	41.48	38	-
残基数	-	-	-	-	106

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9012-1.9571	0.2538	144	0.2007	1329	100
1.9571-2.0203	0.2294	144	0.176	1242	100
2.0203-2.0925	0.2511	138	0.1744	1310	100
2.0925-2.1762	0.2302	146	0.162	1270	100
2.1762-2.2752	0.2169	148	0.1559	1281	100
2.2752-2.3951	0.1856	144	0.1473	1284	100
2.3951-2.5451	0.2146	141	0.1461	1281	100
2.5451-2.7414	0.1781	132	0.1561	1281	100
2.7414-3.017	0.1892	138	0.1558	1295	100
3.017-3.4528	0.1994	140	0.1526	1297	100
3.4528-4.3474	0.1772	138	0.1353	1278	100
4.3474-27.563	0.2234	150	0.1677	1264	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.2768 Å / Origin y: -16.8164 Å / Origin z: 8.8178 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1634 Å²	-0.0093 Å²	-0.0056 Å²	-	0.1715 Å²	0.003 Å²	-	-	0.1472 Å²
L	2.3984 °²	0.6071 °²	-0.1395 °²	-	3.0281 °²	-0.4629 °²	-	-	1.5965 °²
S	0.0857 Å °	-0.1747 Å °	-0.0148 Å °	0.1892 Å °	-0.0929 Å °	-0.1454 Å °	0.0255 Å °	0.0873 Å °	0.0151 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	6 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	301 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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