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- PDB-7die: Crystal structure of M. penetrans Ferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7die
タイトルCrystal structure of M. penetrans Ferritin
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ferritin / Iron uptake / Iron release.
機能・相同性Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / ferric iron binding / Ferritin-like superfamily / : / Ferritin-like protein Rsg
機能・相同性情報
生物種Mycoplasma penetrans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, w.m. / Zhang, y. / Wang, h.f.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21601112, 21671125 中国
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Ferritin with Atypical Ferroxidase Centers Takes B-Channels as the Pathway for Fe 2+ Uptake from Mycoplasma .
著者: Wang, W. / Zhang, Y. / Zhao, G. / Wang, H.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,99242
ポリマ－123,9816
非ポリマー2,01036
水13,313739
1
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)503,966168
ポリマ－495,92424
非ポリマー8,042144
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area104660 Å2
ΔGint-2253 kcal/mol
Surface area123920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.334, 151.334, 125.213
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

FE

21A-204-

FE

31A-205-

FE

41F-203-

FE

51F-204-

FE

61F-205-

FE

71F-207-

FE

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要素

#1: タンパク質
Ferritin


分子量: 20663.520 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma penetrans (strain HF-2) (バクテリア)
株: HF-2 / 遺伝子: MYPE2930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EWB1, bacterial non-heme ferritin
#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 10-15% (w/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 110615 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.609 / Net I/σ(I): 30.79
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.875 / Num. unique obs: 5458 / CC1/2: 0.927 / CC star: 0.981 / Rpim(I) all: 0.174 / Rrim(I) all: 0.463

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→47.856 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1772 2000 1.81 %
Rwork0.1531 108250 -
obs0.1536 110250 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.4 Å2 / Biso mean: 33.904 Å2 / Biso min: 21.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→47.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7926 0 36 739 8701
Biso mean--65.14 42.35 -
残基数----984
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9001-1.94760.24171400.1964765499
1.9476-2.00030.23881430.18697743100
2.0003-2.05920.22341440.17477709100
2.0592-2.12560.19191440.1649764699
2.1256-2.20160.20451430.16567729100
2.2016-2.28970.18861470.16197776100
2.2897-2.3940.2061380.16347722100
2.394-2.52020.20091460.16647760100
2.5202-2.6780.20341400.1554768299
2.678-2.88480.1911460.16247764100
2.8848-3.17510.16581420.15787774100
3.1751-3.63440.16611400.1442773299
3.6344-4.57830.15081390.13697796100
4.5783-100.15891480.1452776399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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