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- PDB-7dhf: Vibrio vulnificus Wzb in complex with benzylphosphonate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dhf
タイトルVibrio vulnificus Wzb in complex with benzylphosphonate
要素Protein-tyrosine-phosphatase
キーワードHYDROLASE / Vibrio / Wzb / low molecular weight protein tyrosine phosphatase (LMWPTP) / capsular polysaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase
類似検索 - 分子機能
: / Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / protein-tyrosine-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.211 Å
データ登録者Ma, Q. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences100 talent program 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Wzb of Vibrio vulnificus represents a new group of low-molecular-weight protein tyrosine phosphatases with a unique insertion in the W-loop.
著者: Wang, X. / Ma, Q.
履歴
登録2020年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-tyrosine-phosphatase
B: Protein-tyrosine-phosphatase
C: Protein-tyrosine-phosphatase
D: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6039
ポリマ－65,1314
非ポリマー4725
水12,232679
1
A: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4703
ポリマ－16,2831
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3782
ポリマ－16,2831
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3782
ポリマ－16,2831
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein-tyrosine-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3782
ポリマ－16,2831
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.972, 68.304, 132.959
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 1 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 1 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLY(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA14
12LEULEU(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1464 - 149
13LEULEU(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1464 - 149
14LEULEU(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1464 - 149
15LEULEU(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1464 - 149
16LEULEU(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1464 - 149
21GLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB14
22LEULEU(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1464 - 149
23LEULEU(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1464 - 149
24LEULEU(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1464 - 149
25LEULEU(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1464 - 149
26LEULEU(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1464 - 149
31GLYGLY(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC14
32LEULEU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC-2 - 1461 - 149
33LEULEU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC-2 - 1461 - 149
34LEULEU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC-2 - 1461 - 149
35LEULEU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC-2 - 1461 - 149
36LEULEU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC-2 - 1461 - 149
41GLYGLY(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD14
42PO4PO4(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD - I-2 - 2011
43PO4PO4(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD - I-2 - 2011
44PO4PO4(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD - I-2 - 2011
45PO4PO4(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD - I-2 - 2011
46PO4PO4(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD - I-2 - 2011

-
要素

#1: タンパク質
Protein-tyrosine-phosphatase


分子量: 16282.812 Da / 分子数: 4 / 変異: C9A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: wzb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: E5F0S0, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Complex crystals were grown in drops containing 1.5 ul of protein solution (14 mg/ml protein in the buffer 10 mM HEPES, 30 mM benzylphophonate, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, pH 7.5) and 1.5 ul of ...詳細: Complex crystals were grown in drops containing 1.5 ul of protein solution (14 mg/ml protein in the buffer 10 mM HEPES, 30 mM benzylphophonate, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, pH 7.5) and 1.5 ul of reservoir solution (100 mM HEPES pH 7.0, 25% (w/v) PEG3350). The phosphate source was not defined, which was assumed to originate from the degradation or contamination of benzylphosphonate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.211→66.48 Å / Num. obs: 161631 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.211→1.232 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7689 / CC1/2: 0.933 / Rpim(I) all: 0.297 / Rrim(I) all: 1.118 / Rsym value: 1.077 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSJan 31, 2020 (BUILT 20200417)データ削減
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WMY

2wmy


解像度: 1.211→29.715 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1692 8104 5.02 %random selection
Rwork0.1434 153342 --
obs0.1447 161446 95.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 51.49 Å2 / Biso mean: 17.8791 Å2 / Biso min: 8.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.211→29.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4522 0 26 679 5227
Biso mean--19.35 29.87 -
残基数----590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5896360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3871795
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2000X-RAY DIFFRACTION3.9TORSIONAL
12B2000X-RAY DIFFRACTION3.9TORSIONAL
13C2000X-RAY DIFFRACTION3.9TORSIONAL
14D2000X-RAY DIFFRACTION3.9TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2113-1.22510.27222660.2218486992
1.2251-1.23950.22492450.2011491092
1.2395-1.25460.2242720.2035489093
1.2546-1.27050.2272660.1974497893
1.2705-1.28720.21592310.1825490893
1.2872-1.30480.19492420.1855498894
1.3048-1.32350.22452600.1851498894
1.3235-1.34320.22592490.1809497294
1.3432-1.36420.21462810.1799496694
1.3642-1.38660.20383260.168499495
1.3866-1.41050.1762520.1546500895
1.4105-1.43610.17822500.1477501695
1.4361-1.46380.1472900.1395501195
1.4638-1.49360.18212700.144508295
1.4936-1.52610.16732940.1343507995
1.5261-1.56160.16312670.1313505496
1.5616-1.60070.16272770.1328509196
1.6007-1.64390.17182720.1334514396
1.6439-1.69230.17372580.1317512396
1.6923-1.74690.16472510.1334515696
1.7469-1.80930.15852490.1357518597
1.8093-1.88180.14342770.1336516997
1.8818-1.96740.16042600.133527197
1.9674-2.07110.1552790.1317520097
2.0711-2.20080.16442880.1312524898
2.2008-2.37070.14322630.1254529198
2.3707-2.60910.14572890.1343531798
2.6091-2.98640.16172870.1444535698
2.9864-3.76130.17092870.1385544399
3.7613-29.70.17573060.1505563699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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