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- PDB-7dh7: Crystal structure of apo XcZur -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dh7
タイトルCrystal structure of apo XcZur
要素Transcriptional regulator fur family
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Zinc perception / Conformational change / Zinc uptake regulator / DNA Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of secondary metabolite biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Transcriptional regulator fur family
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, F.M. / Su, Z.H. / Chen, P. / Tian, X.L. / Wu, L.J. / Tang, D.J. / Li, P.F. / Deng, H.T. / Tang, J.L. / Ming, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31700052 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for zinc-induced activation of a zinc uptake transcriptional regulator.
著者: Liu, F. / Su, Z. / Chen, P. / Tian, X. / Wu, L. / Tang, D.J. / Li, P. / Deng, H. / Ding, P. / Fu, Q. / Tang, J.L. / Ming, Z.
履歴
登録2020年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator fur family
B: Transcriptional regulator fur family
C: Transcriptional regulator fur family
D: Transcriptional regulator fur family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,75213
ポリマ－74,0164
非ポリマー7369
水6,107339
1
A: Transcriptional regulator fur family
C: Transcriptional regulator fur family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3296
ポリマ－37,0082
非ポリマー3214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator fur family
D: Transcriptional regulator fur family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4247
ポリマ－37,0082
非ポリマー4165
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.391, 77.871, 73.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator fur family / Zinc-dependent zinc-uptake regulatory protein Zur


分子量: 18503.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain 8004) (バクテリア)
株: 8004 / 遺伝子: zur, XC_1430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4UWS5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 18% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.3 M glycyl-glycyl-glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 42394 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.01
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.387 / Num. unique obs: 6926

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1_3777精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→38.94 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 27.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2755 2029 4.79 %RANDOM
Rwork0.2194 40360 --
obs0.2221 42389 99.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.83 Å2 / Biso mean: 40.1452 Å2 / Biso min: 7.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→38.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4546 0 29 339 4914
Biso mean--49.95 40.34 -
残基数----596
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.260.32121230.27392755287896
2.26-2.320.31481460.246628613007100
2.32-2.390.30831630.241628513014100
2.39-2.460.321470.247928963043100
2.46-2.550.3191500.233528543004100
2.55-2.650.28841380.247429043042100
2.65-2.770.29061510.23628813032100
2.77-2.920.31881480.248828903038100
2.92-3.10.30981360.228128873023100
3.1-3.340.26651340.216829263060100
3.34-3.680.25771670.196828813048100
3.68-4.210.23161390.19328933032100
4.21-5.30.21551620.180429153077100
5.3-38.940.30151250.22592966309199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.2005 Å / Origin y: 8.1719 Å / Origin z: 21.7363 Å
111213212223313233
T0.0932 Å2-0.0129 Å20.0495 Å2-0.1364 Å2-0.0688 Å2--0.0587 Å2
L1.6931 °2-0.104 °2-0.0003 °2-1.311 °2-0.0284 °2--2.0599 °2
S-0.181 Å °0.0752 Å °-0.0212 Å °-0.0357 Å °0.2901 Å °-0.206 Å °-0.0274 Å °-0.2337 Å °-0.0469 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA23 - 170
2X-RAY DIFFRACTION1allA176
3X-RAY DIFFRACTION1allB22 - 169
4X-RAY DIFFRACTION1allB176
5X-RAY DIFFRACTION1allC21 - 170
6X-RAY DIFFRACTION1allC176
7X-RAY DIFFRACTION1allD22 - 171
8X-RAY DIFFRACTION1allD176
9X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 5
10X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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