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- PDB-7dgu: De novo designed protein H4A1R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dgu
タイトルDe novo designed protein H4A1R
要素de novo designed protein H4A1R
キーワードDE NOVO PROTEIN / Designed protein
生物種Escherichia coli 'BL21-GoldpLysS AG'
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Xu, Y. / Liao, S. / Chen, Q. / Liu, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: A backbone-centred energy function of neural networks for protein design.
著者: Huang, B. / Xu, Y. / Hu, X. / Liu, Y. / Liao, S. / Zhang, J. / Huang, C. / Hong, J. / Chen, Q. / Liu, H.
履歴
登録2020年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / struct
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.pdbx_description / _struct.title
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo designed protein H4A1R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0291
ポリマ－12,0291
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5640 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)33.407, 33.407, 159.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

HOH

21A-242-

HOH

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要素

#1: タンパク質 de novo designed protein H4A1R


分子量: 12029.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.0 M Potassium/sodium phosphate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→12.81 Å / Num. obs: 11152 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 1.008 / Num. unique obs: 1073 / CC1/2: 0.588

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→12.81 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 1118 10.03 %
Rwork0.1984 10034 -
obs0.2017 11152 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.56 Å2 / Biso mean: 28.1289 Å2 / Biso min: 13.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→12.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数756 0 0 66 822
Biso mean---40.66 -
残基数----97
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.75-1.830.30841370.259712171354
1.83-1.930.27991340.264112091343
1.93-2.050.26261350.215612171352
2.05-2.20.2231360.188712531389
2.2-2.420.19611360.178312411377
2.42-2.770.2111450.19612621407
2.77-3.470.23081410.190612641405
3.48-12.810.23111540.19413711525
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.6867 Å / Origin y: -14.1852 Å / Origin z: 12.0337 Å
111213212223313233
T0.1128 Å20.0231 Å2-0.0083 Å2-0.1216 Å20.0036 Å2--0.1418 Å2
L1.8481 °2-0.2034 °20.0797 °2-1.0565 °2-0.0861 °2--2.488 °2
S0.0263 Å °0.0597 Å °-0.0937 Å °-0.0445 Å °-0.062 Å °-0.0651 Å °0.1399 Å °0.1748 Å °-0.0013 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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