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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dfk | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of xylitol-bound glucose isomerase by serial millisecond crystallography | |||||||||
要素 | Xylose isomerase | |||||||||
キーワード | ISOMERASE / glucose isomerase / xylose isomerase / serial crystallography / serial millisecond crystallography / room temperature / xylitol | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptomyces rubiginosus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Nam, K.H. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of xylitol-bound glucose isomerase by serial millisecond crystallography 著者: Nam, K.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dfk.cif.gz | 161.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dfk.ent.gz | 127.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dfk_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dfk_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dfk_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dfk_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7dfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7dfk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ck0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.11577/1777828 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 糖 | ChemComp-XYL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.11 % |
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結晶化 | 温度: 293.5 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→72.4 Å / Num. obs: 95564 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 277.9 % / CC1/2: 0.952 / Net I/σ(I): 4.15 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 9462 / CC1/2: 0.5968 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
Serial crystallography sample delivery fixed target | Sample holding: nylon mesh / Support base: goniometer |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7CK0 解像度: 1.4→71.78 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.24 Å2 / Biso mean: 21.0188 Å2 / Biso min: 3.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→71.78 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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