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万見
- PDB-7df6: Mouse Galectin-3 CRD in complex with novel tetrahydropyran-based ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7df6
タイトルMouse Galectin-3 CRD in complex with novel tetrahydropyran-based thiodisaccharide mimic inhibitor
要素Galectin-3
キーワードCARBOHYDRATE / Galectin-3 Carbohydrate Recognition Domain / Inhibitor / Complex / Tetrahydropyran / Thiodigalactoside
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell proliferation in bone marrow / advanced glycation end-product receptor activity / positive regulation of serotonin secretion / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / cornified envelope / negative regulation of endocytosis / IgE binding / Fc-gamma receptor I complex binding ...negative regulation of cell proliferation in bone marrow / advanced glycation end-product receptor activity / positive regulation of serotonin secretion / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / cornified envelope / negative regulation of endocytosis / IgE binding / Fc-gamma receptor I complex binding / eosinophil chemotaxis / monosaccharide binding / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive chemotaxis / macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / monocyte chemotaxis / glial cell projection / immunological synapse / laminin binding / neutrophil chemotaxis / Neutrophil degranulation / extracellular matrix / RNA splicing / extracellular matrix organization / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / spliceosomal complex / mRNA processing / positive regulation of angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / cell differentiation / external side of plasma membrane / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H5O / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ghosh, K. / Kumar, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Synthesis, Structure-Activity Relationships, and In Vivo Evaluation of Novel Tetrahydropyran-Based Thiodisaccharide Mimics as Galectin-3 Inhibitors.
著者: Xu, L. / Hartz, R.A. / Beno, B.R. / Ghosh, K. / Shukla, J.K. / Kumar, A. / Patel, D. / Kalidindi, N. / Lemos, N. / Gautam, S.S. / Kumar, A. / Ellsworth, B.A. / Shah, D. / Sale, H. / Cheng, D. / Regueiro-Ren, A.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
B: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5524
ポリマ－37,2782
非ポリマー1,2732
水3,225179
1
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2762
ポリマ－18,6391
非ポリマー6371
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2762
ポリマ－18,6391
非ポリマー6371
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.140, 58.140, 130.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / IgE-binding protein / L-34 galactoside-binding lectin / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 18639.246 Da / 分子数: 2 / 断片: Carbohydrate Recognition Domain (CRD) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lgals3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16110
#2: 化合物 ChemComp-H5O / (2R,3R,4S,5R,6S)-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-6-[(3R,4R,5S)-4-oxidanyl-5-(4-pyrimidin-5-yl-1,2,3-triazol-1-yl)oxan-3-yl]sulfanyl-4-[4-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]oxan-3-ol


分子量: 636.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27F3N8O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Tris (pH 7.5-8.5), 0.4M NaSCN, 28-35% PEG 4000/6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→22.65 Å / Num. obs: 36334 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 248791
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.61-1.656.91.3841838426470.7910.5611.4961.899.2
7.2-22.655.20.05624124640.9980.0280.06315.196.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CXB

7cxb


解像度: 1.8→22.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 6.964 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 1339 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1933 24776 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.43 Å2 / Biso mean: 15.035 Å2 / Biso min: 4.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å2-0 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→22.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 0 136 180 2517
Biso mean--18.74 29.32 -
残基数----278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0122363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9691.7013217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6651.5934987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2935282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4221.692130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13415383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.7321519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.55134512
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 76 -
Rwork0.21 1778 -
all-1854 -
obs--99.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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