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- PDB-7df1: Crystal structure of human CD98 heavy chain extracellular domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7df1
タイトルCrystal structure of human CD98 heavy chain extracellular domain in complex with S1-F4 scFv
要素
  • 4F2 cell-surface antigen heavy chain
  • IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5
  • S1-F4 VH
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Complex / tumor growth / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport ...apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / valine transport / proline transport / L-leucine transport / thyroid hormone transport / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / anchoring junction / Basigin interactions / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / basal plasma membrane / calcium ion transport / melanosome / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / immune response / cadherin binding / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin V-Type ...Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Glycosidases / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Glycoside hydrolase superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5 / Amino acid transporter heavy chain SLC3A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.806 Å
データ登録者Liu, X. / Ding, J. / Sui, J. / Tian, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Biomed Eng / 年: 2022
タイトル: An anti-CD98 antibody displaying pH-dependent Fc-mediated tumour-specific activity against multiple cancers in CD98-humanized mice.
著者: Tian, X. / Liu, X. / Ding, J. / Wang, F. / Wang, K. / Liu, J. / Wei, Z. / Hao, X. / Li, Y. / Wei, X. / Zhang, H. / Sui, J.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
B: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
C: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
D: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
H: S1-F4 VH
L: IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5
E: S1-F4 VH
I: IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5
F: S1-F4 VH
J: IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5
G: S1-F4 VH
K: IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,26512
ポリマ－298,26512
非ポリマー00
水00
1
H: S1-F4 VH
L: IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5

A: 4F2 cell-surface antigen heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5663
ポリマ－74,5663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
2
E: S1-F4 VH
I: IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5

B: 4F2 cell-surface antigen heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5663
ポリマ－74,5663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
3
C: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
F: S1-F4 VH
J: IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5663
ポリマ－74,5663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
G: S1-F4 VH
K: IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5663
ポリマ－74,5663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.802, 165.212, 176.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
4F2 cell-surface antigen heavy chain / 4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / Solute carrier ...4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / Solute carrier family 3 member 2


分子量: 46243.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08195
#2: 抗体
S1-F4 VH


分子量: 14741.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5 / IGL c2147_light_IGKV4-1_IGKJ5


分子量: 13581.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A5C2G3X0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 9% PEG20000, 5% PEG400, 9% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.806→50.05 Å / Num. obs: 90217 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.97 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 12.69
反射 シェル解像度: 2.81→2.88 Å / Num. unique obs: 6299 / CC1/2: 0.896

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DH2

2dh2


解像度: 2.806→50.044 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 2009 2.23 %
Rwork0.217 --
obs0.2177 89964 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.806→50.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19740 0 0 0 19740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00220192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55427388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.31411980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.806-2.87580.38741380.33216057X-RAY DIFFRACTION98
2.8758-2.95360.32391480.28696226X-RAY DIFFRACTION100
2.9536-3.04050.31261370.27786223X-RAY DIFFRACTION100
3.0405-3.13860.30621440.28176248X-RAY DIFFRACTION100
3.1386-3.25080.33511460.28316222X-RAY DIFFRACTION100
3.2508-3.38090.28311420.25566252X-RAY DIFFRACTION100
3.3809-3.53470.28321380.23876258X-RAY DIFFRACTION100
3.5347-3.7210.24591390.2236266X-RAY DIFFRACTION100
3.721-3.95410.24421460.21736277X-RAY DIFFRACTION100
3.9541-4.25920.24451440.19736308X-RAY DIFFRACTION100
4.2592-4.68750.21931470.17196294X-RAY DIFFRACTION100
4.6875-5.36520.18311450.17396360X-RAY DIFFRACTION100
5.3652-6.75690.21751400.19616410X-RAY DIFFRACTION100
6.7569-50.0440.20821550.18566554X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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