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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dex | ||||||
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タイトル | Crystal Structures of Anthocyanin 5,3'-aromatic acyltransferase H174A mutant with caffeoyl-CoA | ||||||
要素 | Anthocyanin 5-aromatic acyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / acyltransferase / anthocyanin / plant enzyme / delphinidin / caffeoyl-CoA | ||||||
機能・相同性 | anthocyanin 5-(6'''-hydroxycinnamoyltransferase) / anthocyanin 5-(6'''-hydroxycinnamoyltransferase) activity / : / : / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / cytoplasm / Chem-H5L / Anthocyanin 5-aromatic acyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gentiana triflora (エゾリンドウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Shirouzu, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Phytochemistry / 年: 2021 タイトル: Anthocyanin 5,3'-aromatic acyltransferase from Gentiana triflora, a structural insight into biosynthesis of a blue anthocyanin. 著者: Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Sato, T. / Hosaka, T. / Ishiguro, K. / Mizuno, T. / Kitao, K. / Honma, T. / Yokoyama, S. / Tanaka, Y. / Shirouzu, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dex.cif.gz | 111.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dex.ent.gz | 81 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dex_validation.pdf.gz | 624.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dex_full_validation.pdf.gz | 637.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dex_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dex_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7dex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7dex | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52339.984 Da / 分子数: 1 / 変異: H174A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gentiana triflora (エゾリンドウ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9ZWR8, anthocyanin 5-(6'''-hydroxycinnamoyltransferase) |
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#2: 化合物 | ChemComp-H5L / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Hepes, sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→29.65 Å / Num. obs: 19939 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 51.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 1.107 / Num. unique obs: 2826 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2E1U 解像度: 2.5→29.65 Å / SU ML: 0.3628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.7564 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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