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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7del | ||||||
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タイトル | Crystal structure of P.aeruginosa LpxC in complex with inhibitor | ||||||
要素 | UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase EnvA / LpxC / Pseudomonas aeruginosa | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Mima, M. / Ushiyama, F. / Tanaka-Yamamoto, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Lead optimization of 2-hydroxymethyl imidazoles as non-hydroxamate LpxC inhibitors: Discovery of TP0586532. 著者: Ushiyama, F. / Takashima, H. / Matsuda, Y. / Ogata, Y. / Sasamoto, N. / Kurimoto-Tsuruta, R. / Ueki, K. / Tanaka-Yamamoto, N. / Endo, M. / Mima, M. / Fujita, K. / Takata, I. / Tsuji, S. / ...著者: Ushiyama, F. / Takashima, H. / Matsuda, Y. / Ogata, Y. / Sasamoto, N. / Kurimoto-Tsuruta, R. / Ueki, K. / Tanaka-Yamamoto, N. / Endo, M. / Mima, M. / Fujita, K. / Takata, I. / Tsuji, S. / Yamashita, H. / Okumura, H. / Otake, K. / Sugiyama, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7del.cif.gz | 77.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7del.ent.gz | 55 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7del.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7del_validation.pdf.gz | 999.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7del_full_validation.pdf.gz | 1004 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7del_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7del_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7del ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7del | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33146.617 Da / 分子数: 1 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: lpxC, envA, PA4406 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: P47205, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-H4L / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 詳細: 20 % w/v Polyethylene glycol 8,000, 100 mM CHES pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54056 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→62.89 Å / Num. obs: 16154 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11.59 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 1619 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3UHM 解像度: 2.15→62.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 6.947 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.301 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.15→62.89 Å
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拘束条件 |
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