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- PDB-7dee: Structural Basis of the regulation of DISC Assembly by the intera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dee
タイトルStructural Basis of the regulation of DISC Assembly by the interaction of c-FLIPs with Procaspase-8
要素
  • C8-H1a
  • CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
キーワードAPOPTOSIS / c-FLIPS / Structural biology
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myoblast fusion / skeletal myofibril assembly / skeletal muscle atrophy / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ripoptosome / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 ...negative regulation of myoblast fusion / skeletal myofibril assembly / skeletal muscle atrophy / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ripoptosome / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / regulation of necroptotic process / positive regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / death-inducing signaling complex / skeletal muscle tissue regeneration / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / death receptor binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / RIPK1-mediated regulated necrosis / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / response to testosterone / macrophage differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / skeletal muscle tissue development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to nitric oxide / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / enzyme activator activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to estradiol stimulus / Regulation of TNFR1 signaling / wound healing / positive regulation of neuron projection development / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of neuron apoptotic process / protease binding / cellular response to hypoxia / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death effector domain / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain ...Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death effector domain / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bai, Z.Q. / Hu, K.F.
引用ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2020
タイトル: Backbone and side-chain chemical shift assignments of a cellular FLICE-inhibitory protein (c-FLIPS)
著者: Bai, Z.Q. / Hu, K.F.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
B: C8-H1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6182
ポリマ－22,6182
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area870 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11980 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / Caspase homolog / CASH / Caspase-eight-related protein / Casper / Caspase-like apoptosis regulatory ...Caspase homolog / CASH / Caspase-eight-related protein / Casper / Caspase-like apoptosis regulatory protein / CLARP / Cellular FLICE-like inhibitory protein / c-FLIP / FADD-like antiapoptotic molecule 1 / FLAME-1 / Inhibitor of FLICE / I-FLICE / MACH-related inducer of toxicity / MRIT / Usurpin


分子量: 21588.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFLAR, CASH, CASP8AP1, CLARP, MRIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15519
#2: タンパク質・ペプチド C8-H1a


分子量: 1030.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
142isotropic13D 1H-15N NOESY
152isotropic13D 1H-13C NOESY
1172isotropic13D 1H-15N Filtered NOESY
1162isotropic13D 1H-13C Filttered NOESY
2153isotropic22D 1H-15N HSQC
2143isotropic22D 1H-13C HSQC
2133isotropic23D HNCO
2123isotropic23D HN(CA)CB
2113isotropic33D CBCA(CO)NH
2103isotropic33D HBHA(CO)NH
293isotropic23D (H)CCH-TOCSY
283isotropic23D CCH-TOCSY
273isotropic23D HNCA
263isotropic23D 1H-15N NOESY
2183isotropic23D 1H-13C NOESY
1192isotropic12D 1H-1H Fltered NOESY
1202isotropic12D 1H-1H Filtered TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution110 mM C8-H1a, 0.002 % v/v sodium azide, 110 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2OC8-H1a95% H2O/5% D2O
solution204 mM C8-H1a, 0.002 % v/v sodium azide, 110 mM sodium phosphate, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] c-FLIPs, 95% H2O/5% D2Oc-FLIPs_C8-H1a95% H2O/5% D2O
solution30.002 % v/v sodium azide, 110 mM sodium phosphate, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] c-FLIPs, 1 mM TCEP, 1 mM EDTA, 95% H2O/5% D2Oc-FLIPs95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMC8-H1anatural abundance1
0.002 % v/vsodium azidenatural abundance1
110 mMsodium phosphatenatural abundance1
04 mMC8-H1anatural abundance2
0.002 % v/vsodium azidenatural abundance2
110 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.6 mMc-FLIPs[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.002 % v/vsodium azidenatural abundance3
110 mMsodium phosphatenatural abundance3
0.6 mMc-FLIPs[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1 mMTCEPnatural abundance3
1 mMEDTAnatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1110 mMcondition_17.41 Pa298 K
260 mMcondition_27.41 Pa298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker 1Bruker17001
Bruker 2Bruker28002
Bruker 3Bruker36003

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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