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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7deb | ||||||
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タイトル | Structure of an avian influenza H5 hemagglutinin from the influenza virus A/duck/Eastern China/L0230/2010 (H5N2) | ||||||
要素 | Hemagglutinin | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / H5N6 avian influenza virus / Haemagglutinin / Neuraminidase / Acid stability / Human infection | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, H. / Sun, H. / Song, J. / Zhang, W. / Qi, J. / Gao, G.F. / Liu, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Haemagglutinin and neuraminidase acid stability in H5N6 avian influenza virus confers infection adaptation in mammals 著者: Sun, H. / Sun, H. / Song, J. / Zhang, W. / Qi, J. / Gao, G.F. / Liu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7deb.cif.gz | 316 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7deb.ent.gz | 256.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7deb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7deb_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7deb_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7deb_validation.xml.gz | 58.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7deb_validation.cif.gz | 81.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7deb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7deb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57617.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/duck/Eastern China/L0321/2010(H5N2)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/duck/Eastern China/L0321/2010(H5N2) / 遺伝子: HA 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: A0A0X7YU24 #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Lithium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 111361 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 10993 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4NFD 解像度: 2.6→46.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→46.58 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.665 Å
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