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- PDB-7de7: Crystal structure of PDZD7 HHD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7de7
タイトルCrystal structure of PDZD7 HHD domain
要素PDZ domain-containing protein 7
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PDZD7 / HHD domain / membrane-targeting
機能・相同性
機能・相同性情報


stereocilia ankle link / USH2 complex / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / auditory receptor cell development / stereocilium / auditory receptor cell stereocilium organization / establishment of localization in cell / establishment of protein localization ...stereocilia ankle link / USH2 complex / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / auditory receptor cell development / stereocilium / auditory receptor cell stereocilium organization / establishment of localization in cell / establishment of protein localization / cilium / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PDZD7, Harmonin N-like domain / : / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2Q5 / PDZ domain-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Wang, H. / Lin, L. / Lu, Q.
引用ジャーナル: Front Cell Dev Biol / 年: 2021
タイトル: Structure and Membrane Targeting of the PDZD7 Harmonin Homology Domain (HHD) Associated With Hearing Loss.
著者: Lin, L. / Wang, H. / Ren, D. / Xia, Y. / He, G. / Lu, Q.
履歴
登録2020年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PDZ domain-containing protein 7
B: PDZ domain-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7733
ポリマ－23,5232
非ポリマー2501
水2,720151
1
A: PDZ domain-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0122
ポリマ－11,7621
非ポリマー2501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PDZ domain-containing protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7621
ポリマ－11,7621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.782, 75.005, 42.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PDZ domain-containing protein 7


分子量: 11761.536 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdzd7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E9Q9W7
#2: 化合物 ChemComp-2Q5 / (2R)-2-{[(2R)-2-{[(2S)-2-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}propyl]oxy}propyl]oxy}propan-1-ol


分子量: 250.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 45% Polypropylene glycol P400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→37.5 Å / Num. obs: 32592 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.74 % / Biso Wilson estimate: 25.745 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.819 / Net I/σ(I): 13.49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.49-1.586.4421.1971.5633241525751600.7251.30198.2
1.58-1.696.9210.7312.7434015494949150.8860.7999.3
1.69-1.836.7450.4354.3331136464046160.9530.47199.5
1.83-26.7020.237.7828364423942320.9820.2599.8
2-2.246.9050.12514.5826599385838520.9930.13599.8
2.24-2.586.6990.07822.1322896342234180.9970.08499.9
2.58-3.166.9370.05929.8319992288428820.9980.06499.9
3.16-4.466.6580.04340.515000225622530.9980.04799.9
4.46-37.56.6780.03844.528454127112660.9990.04199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FDD

6fdd


解像度: 1.49→37.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 1998 6.14 %
Rwork0.1774 60231 -
obs0.1784 32580 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.51 Å2 / Biso mean: 22.9697 Å2 / Biso min: 11.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.49→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1516 0 17 151 1684
Biso mean--36.05 33.8 -
残基数----190
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.49-1.510.40181300.35351993212393
1.51-1.530.36221440.34382182232699
1.53-1.550.3231380.30472122226099
1.55-1.570.31941390.29292106224599
1.57-1.60.29251390.28032165230499
1.6-1.620.3091380.255221332271100
1.62-1.640.29581460.25522188233499
1.64-1.670.22951340.23962120225499
1.67-1.70.25941400.22752180232099
1.7-1.730.25511400.2221462286100
1.73-1.760.24571420.212421542296100
1.76-1.80.25111390.202521572296100
1.8-1.840.23171440.20242179232399
1.84-1.880.28161390.183821192258100
1.88-1.930.19221470.18722062353100
1.93-1.980.18241390.162321042243100
1.98-2.040.17641420.165822012343100
2.04-2.110.2171380.15421252263100
2.11-2.180.14941460.158221992345100
2.18-2.270.20651420.147321432285100
2.27-2.370.16961410.165321602301100
2.37-2.50.18061400.147821832323100
2.5-2.650.18461420.15721442286100
2.65-2.860.16371400.158621702310100
2.86-3.140.17921390.167521622301100
3.15-3.60.14341460.164421722318100
3.6-4.530.14711420.144221652307100
4.54-37.50.20361460.18921532299100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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