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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dde | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Ape4 and Nbr1 complex | ||||||||||||
要素 | Aspartyl aminopeptidase 1,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / aspartyl aminopeptidase / signaling protein / autophagy | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NVT complex / aspartyl aminopeptidase / fungal-type vacuole lumen / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / fungal-type vacuole / cargo receptor activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / metalloaminopeptidase activity ...NVT complex / aspartyl aminopeptidase / fungal-type vacuole lumen / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / fungal-type vacuole / cargo receptor activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / metalloaminopeptidase activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / chaperone-mediated protein folding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / multivesicular body / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / Golgi apparatus / proteolysis / zinc ion binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.26 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, J. / Ye, K. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Molecular and structural mechanisms of ZZ domain-mediated cargo selection by Nbr1. 著者: Ying-Ying Wang / Jianxiu Zhang / Xiao-Man Liu / Yulu Li / Jianhua Sui / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye / Li-Lin Du / 要旨: In selective autophagy, cargo selectivity is determined by autophagy receptors. However, it remains scarcely understood how autophagy receptors recognize specific protein cargos. In the fission yeast ...In selective autophagy, cargo selectivity is determined by autophagy receptors. However, it remains scarcely understood how autophagy receptors recognize specific protein cargos. In the fission yeast Schizosaccharomyces pombe, a selective autophagy pathway termed Nbr1-mediated vacuolar targeting (NVT) employs Nbr1, an autophagy receptor conserved across eukaryotes including humans, to target cytosolic hydrolases into the vacuole. Here, we identify two new NVT cargos, the mannosidase Ams1 and the aminopeptidase Ape4, that bind competitively to the first ZZ domain of Nbr1 (Nbr1-ZZ1). High-resolution cryo-EM analyses reveal how a single ZZ domain recognizes two distinct protein cargos. Nbr1-ZZ1 not only recognizes the N-termini of cargos via a conserved acidic pocket, similar to other characterized ZZ domains, but also engages additional parts of cargos in a cargo-specific manner. Our findings unveil a single-domain bispecific mechanism of autophagy cargo recognition, elucidate its underlying structural basis, and expand the understanding of ZZ domain-mediated protein-protein interactions. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dde.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dde.ent.gz | 935.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dde.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dde_validation.pdf.gz | 963.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dde_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dde_validation.xml.gz | 152.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dde_validation.cif.gz | 245.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7dde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7dde | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 102615.375 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fusion protein comprises of the full-length Ape4, a linker sequence (GFKKASSSDNKEQ), residues 53-129 of Nbr1, and maltose binding protein (MBP). 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: aap1, SPAC4F10.02, SPBP35G2.11c, malE, b4034, JW3994 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 参照: UniProt: O36014, UniProt: Q9P792, UniProt: P0AEX9, aspartyl aminopeptidase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ape4 and Nbr1 fusion protein / タイプ: COMPLEX 詳細: The fusion protein comprises of the full-length Ape4, a linker sequence (GFKKASSSDNKEQ), residues 53-129 of Nbr1, and maltose binding protein (MBP). Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.75 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.4 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1799 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Tridiem 4K / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: T (正4面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 414202 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 102.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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