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万見
- PDB-7ddb: Crystal structure of fungal antifreeze protein with intermediate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ddb
タイトルCrystal structure of fungal antifreeze protein with intermediate activity
要素Antifreeze protein
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / right-handed beta-helix / beta-solenoid / ice-binding protein / thermal hysteresis protein / ice-structuring protein
機能・相同性Ice-binding protein / Ice-binding-like / Antifreeze protein
機能・相同性情報
生物種Typhula ishikariensis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Khan, N.M.M.U. / Arai, T. / Tsuda, S. / Kondo, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI JP20570118 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Characterization of microbial antifreeze protein with intermediate activity suggests that a bound-water network is essential for hyperactivity.
著者: Khan, N.M.U. / Arai, T. / Tsuda, S. / Kondo, H.
履歴
登録2020年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifreeze protein
B: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2535
ポリマ－44,1802
非ポリマー733
水9,980554
1
A: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1142
ポリマ－22,0901
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8610 Å2
手法PISA
2
B: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1383
ポリマ－22,0901
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.790, 63.143, 102.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Antifreeze protein


分子量: 22089.811 Da / 分子数: 2 / 変異: T20Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Typhula ishikariensis (菌類) / 遺伝子: K1-C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76CE7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 % / 解説: thin plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M magnesium chloride
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.68 Å / Num. obs: 41109 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.7312.61.1372704221400.8490.3331.1862.399.9
9-49.639.10.14128883180.8780.0570.15410.293.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å49.63 Å
Translation3 Å49.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B5H

5b5h


解像度: 1.72→49.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.005 / SU ML: 0.099 / SU R Cruickshank DPI: 0.1457 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 1975 5 %RANDOM
Rwork0.2084 ---
obs0.2103 37745 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.39 Å2 / Biso mean: 10.893 Å2 / Biso min: 2.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2--1.11 Å2-0 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3112 0 3 554 3669
Biso mean--16.1 20.23 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133174
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.6394348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4371.5596921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8195448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22224.28684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.47915458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.931154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02604
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 136 -
Rwork0.398 2753 -
all-2889 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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