PDB-7dcg: Alpha-glucosidase from Weissella cibaria BBK-1 bound with maltotriose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dcg

タイトル

Alpha-glucosidase from Weissella cibaria BBK-1 bound with maltotriose

要素

Alpha-glycosidase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / maltooligosaccharides / carbohydrate metabolism / alpha-glucosidase

機能・相同性

alpha-maltotriose

機能・相同性情報

生物種

Weissella cibaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Krusong, K. / Wangpaiboon, K. / Kim, S. / Mori, T. / Hakoshima, T.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: A GH13 alpha-glucosidase from Weissella cibaria uncommonly acts on short-chain maltooligosaccharides.
著者: Wangpaiboon, K. / Laohawuttichai, P. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Nakapong, S. / Pichyangkura, R. / Pongsawasdi, P. / Hakoshima, T. / Krusong, K.

履歴

登録	2020年10月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dcg.cif.gz	329.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dcg.ent.gz	220.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dcg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dcg_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dcg_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7dcg_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	7dcg_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dcg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d9bSC 7d9cC 7dchC 7ehhC 7ehiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ehi-1 1g1y-d 1wzk-d 1ji2-d 7d9c-1 1jf5-d 1vfo-d 7dch-1 5jm0-d 1wzl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-glycosidase

ヘテロ分子

70.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-glycosidase

ヘテロ分子

A: Alpha-glycosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, This protein forms a dimer
140 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.375, 116.375, 107.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22
Space group name Hall	P4w2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+1/4 #3: y,-x,z+3/4 #4: x,-y,-z+1/2 #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z+3/4 #8: -y,-x,-z+1/4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1308- SO4
2	1	A-1818- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Alpha-glycosidase

分子量: 68398.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Weissella cibaria (バクテリア) / 遺伝子: C6P12_07850, C6P22_07685 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: alpha-glucosidase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 573分子

#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS MG_256496 FOR THE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, dioxane, MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 109716 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.92 Å² / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.54→1.6 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique obs: 10808 / R_pim(I) all: 0.602

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.0.069	精密化
PHENIX	1.17_3644	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7D9B

7d9b

解像度: 1.53→26.02 Å / SU ML: 0.1168 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.5091
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1602	5399	4.92 %
R_work	0.1283	104264	-
obs	0.1299	109663	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→26.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4790	0	107	561	5458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0178	5214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3997	7137
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0961	764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	923
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.473	741

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.55	0.1948	155	0.1524	3314	X-RAY DIFFRACTION	95.8
1.55-1.57	0.2373	188	0.1504	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.59	0.1838	189	0.1461	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.61	0.2272	168	0.1415	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.2086	155	0.1329	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2003	172	0.1278	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.1878	193	0.1245	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7	0.1976	193	0.128	3449	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.73	0.1636	168	0.1175	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.1649	173	0.1066	3455	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.76-1.79	0.151	178	0.098	3431	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.79-1.82	0.1446	189	0.0958	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.1579	156	0.0978	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.1334	185	0.0974	3451	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.89-1.93	0.1512	176	0.1006	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.1301	180	0.1021	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.03	0.1459	197	0.1056	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.08	0.1427	183	0.1036	3464	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.08-2.14	0.1695	167	0.1113	3479	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.14-2.21	0.1622	204	0.1153	3419	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.21-2.29	0.1469	177	0.119	3504	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.29-2.38	0.1447	167	0.1194	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.49	0.1602	179	0.1236	3515	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.49-2.62	0.1592	188	0.1322	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.79	0.1531	181	0.1389	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-3	0.1438	170	0.1434	3536	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.3	0.1754	163	0.1489	3559	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.3-3.78	0.1664	173	0.135	3557	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.78-4.76	0.1471	189	0.1209	3598	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.76-26.02	0.1705	243	0.1674	3700	X-RAY DIFFRACTION	98.95

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関連情報:EMDBヘッダ

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