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- PDB-7db7: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis phenylalanyl-tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7db7
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis phenylalanyl-tRNA synthetase in complex with compound GDI05-001
要素
  • Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
  • Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
キーワードLIGASE / aminoacylation / tRNA-binding / aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / phenylalanine-tRNA ligase activity / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / B3/4 domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / 3-Layer(bba) Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H2L / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Xu, M. / Zhang, X. / Xu, L. / Chen, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Re-discovery of PF-3845 as a new chemical scaffold inhibiting phenylalanyl-tRNA synthetase in Mycobacterium tuberculosis .
著者: Wang, H. / Xu, M. / Engelhart, C.A. / Zhang, X. / Yan, B. / Pan, M. / Xu, Y. / Fan, S. / Liu, R. / Xu, L. / Hua, L. / Schnappinger, D. / Chen, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Re-discovery of PF-3845 as a new chemical scaffold inhibiting phenylalanyl-tRNA synthetase in Mycobacterium tuberculosis
著者: Wang, H. / Xu, M. / Engelhart, C.A. / Zhang, X. / Yan, B. / Pan, M. / Xu, Y. / Fan, S. / Liu, R. / Xu, L. / Hua, L. / Schnappinger, D. / Chen, S.
履歴
登録2020年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,18915
ポリマ－127,5952
非ポリマー1,59413
水4,053225
1
A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
ヘテロ分子

A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,37930
ポリマ－255,1904
非ポリマー3,18926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area29970 Å2
ΔGint-477 kcal/mol
Surface area85140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)268.380, 298.801, 65.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS


分子量: 37415.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU3, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS


分子量: 90179.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU1, phenylalanine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-H2L / 1-[3-[2-(1H-indol-3-yl)ethylsulfamoyl]phenyl]-3-(1,3-thiazol-2-yl)urea


分子量: 441.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N5O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.1M (NH4)2SO4, 0.2% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97849 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→50 Å / Num. obs: 72740 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 10.42
反射 シェル解像度: 2.71→2.75 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / Num. unique obs: 3594 / CC1/2: 0.851 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DAW

7daw


解像度: 2.71→42.16 Å / SU ML: 0.3067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.1371
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 3209 5.02 %
Rwork0.1929 60715 -
obs0.1942 63924 87.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→42.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8346 0 90 225 8661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00938643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.096511823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06071335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00821596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.78083174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.750.2695930.25471668X-RAY DIFFRACTION56.05
2.75-2.790.2696870.24661752X-RAY DIFFRACTION59.23
2.79-2.830.304920.23081867X-RAY DIFFRACTION62.95
2.83-2.880.2536980.2412004X-RAY DIFFRACTION67.18
2.88-2.940.2671350.23972063X-RAY DIFFRACTION70.38
2.94-2.990.271050.25482225X-RAY DIFFRACTION73.5
2.99-3.050.29851090.25352281X-RAY DIFFRACTION77.17
3.05-3.120.31551120.26352477X-RAY DIFFRACTION82.14
3.12-3.190.2921460.26612525X-RAY DIFFRACTION85.91
3.19-3.270.26811430.24542712X-RAY DIFFRACTION90.55
3.27-3.360.2681430.23692836X-RAY DIFFRACTION95.48
3.36-3.460.27881890.22722937X-RAY DIFFRACTION98.21
3.46-3.570.2831450.21322946X-RAY DIFFRACTION99.36
3.57-3.70.21431700.20512990X-RAY DIFFRACTION99.5
3.7-3.850.2321650.1832998X-RAY DIFFRACTION99.91
3.85-4.020.20251510.17172981X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.230.15791760.15562985X-RAY DIFFRACTION99.87
4.23-4.50.18551420.15133033X-RAY DIFFRACTION99.84
4.5-4.840.1451660.14413012X-RAY DIFFRACTION99.78
4.84-5.330.18161480.16313048X-RAY DIFFRACTION99.69
5.33-6.10.22571710.1743050X-RAY DIFFRACTION99.81
6.1-7.680.19021630.18053098X-RAY DIFFRACTION99.91
7.68-42.160.18981600.17773227X-RAY DIFFRACTION99.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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