[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7db5: Crystal structure of alpha-L-fucosidase from Vibrio sp. strain EJY3 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7db5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of alpha-L-fucosidase from Vibrio sp. strain EJY3 | ||||||
Components | Alpha-L-fucosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | PHOSPHATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio sp. EJY3 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Hong, H. / Kim, K.-J. | ||||||
Citation | Journal: J.Agric.Food Chem. / Year: 2021 Title: Dual alpha-1,4- and beta-1,4-Glycosidase Activities by the Novel Carbohydrate-Binding Module in alpha-l-Fucosidase from Vibrio sp. Strain EJY3. Authors: Hong, H. / Kim, D.H. / Seo, H. / Kim, K.H. / Kim, K.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7db5.cif.gz | 137.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7db5.ent.gz | 110.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7db5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7db5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7db5 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 71812.984 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio sp. EJY3 (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.21 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Sodium dihydrogen phosphate, Potassium hydrogen phosphate, acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 67820 / % possible obs: 95.3 % / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 2.513 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 515865 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.9→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.204 / SU ML: 0.066 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.113 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.4 Å2 / Biso mean: 23.593 Å2 / Biso min: 14.46 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→28.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|