PDB-7da9: Structure of 6-hydroxy-3-succinoyl-pyridine 3-monooxygenase (HspB...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7da9

タイトル

Structure of 6-hydroxy-3-succinoyl-pyridine 3-monooxygenase (HspB) from Pseudomonas putida S16

要素

6-hydroxy-3-succinoylpyridine 3-monooxygenase HspB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

6-hydroxy-3-succinoylpyridine 3-monooxygenase / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida S16 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.108 Å

データ登録者

Liu, G.Q. / Liu, G.Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of 6-hydroxy-3-succinoyl-pyridine 3-monooxygenase (HspB) from Pseudomonas putida S16
著者: Liu, G.Q. / Liu, G.Q.

履歴

登録	2020年10月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7da9.cif.gz	330.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7da9.ent.gz	268.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7da9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7da9_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7da9_full_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示
XML形式データ	7da9_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	7da9_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/7da9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/7da9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ainS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ij9-1 6uj1-d 5xvm-d 6utm-d 1d7k-d 5dxj-2 4p0s-1 6s79-1 3ljp-d 2igy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6-hydroxy-3-succinoylpyridine 3-monooxygenase HspB

B: 6-hydroxy-3-succinoylpyridine 3-monooxygenase HspB

88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.417, 83.779, 79.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	6-hydroxy-3-succinoylpyridine 3-monooxygenase HspB / 6-hydroxy-3-succinoylpyridine hydroxylase / HSP hydroxylase 分子量: 44023.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida S16 (バクテリア) 株: S16 / 遺伝子: hspB, PPS_4061 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: F8G0M4, 6-hydroxy-3-succinoylpyridine 3-monooxygenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

6-hydroxy-3-succinoylpyridine 3-monooxygenase HspB / 6-hydroxy-3-succinoylpyridine hydroxylase / HSP hydroxylase

分子量: 44023.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas putida S16 (バクテリア)
株: S16 / 遺伝子: hspB, PPS_4061 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F8G0M4, 6-hydroxy-3-succinoylpyridine 3-monooxygenase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG4000, 0.1 mol/L Bis-Tris pH 8.0, 0.2 mol/L MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 45977 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 21.13
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 2290 / CC_1/2: 0.708

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6AIN

6ain

解像度: 2.108→30.563 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	2004	4.39 %
R_work	0.1809	43622	-
obs	0.1833	45626	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.17 Å² / B_iso mean: 28.7832 Å² / B_iso min: 10.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.108→30.563 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6108	0	0	483	6591
B_iso mean	-	-	-	33.35	-
残基数	-	-	-	-	776

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1081-2.1609	0.2789	132	0.2007	2930	95
2.1609-2.2193	0.2763	142	0.2005	3099	97
2.2193-2.2845	0.3841	140	0.2752	3041	97
2.2845-2.3583	0.2981	142	0.1986	3114	99
2.3583-2.4425	0.3135	144	0.1916	3144	99
2.4425-2.5403	0.2769	145	0.187	3124	99
2.5403-2.6558	0.3001	139	0.195	3128	99
2.6558-2.7957	0.236	142	0.18	3105	99
2.7957-2.9708	0.2123	145	0.1789	3156	99
2.9708-3.1999	0.2269	142	0.1786	3186	99
3.1999-3.5215	0.2478	147	0.1722	3118	99
3.5215-4.0301	0.2272	146	0.158	3128	98
4.0301-5.0737	0.1582	146	0.1537	3151	99
5.0737-30.563	0.2126	152	0.1902	3198	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.269 Å / Origin y: -14.2177 Å / Origin z: -11.4467 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1232 Å²	0.0146 Å²	0.0064 Å²	-	0.1167 Å²	0.0144 Å²	-	-	0.1769 Å²
L	0.3309 °²	0.0269 °²	-0.0577 °²	-	0.5734 °²	0.0434 °²	-	-	1.1131 °²
S	-0.0302 Å °	-0.0843 Å °	-0.0131 Å °	0.0715 Å °	-0.0172 Å °	0.0487 Å °	0.0697 Å °	-0.0405 Å °	0.0311 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	5 - 392
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	5 - 392
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	W	1 - 483

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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