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- PDB-7d9q: Crystal Structure of Recombinant Human Acetylcholinesterase in Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d9q
タイトルCrystal Structure of Recombinant Human Acetylcholinesterase in Complex with Compound 7
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / AchE inhibitor / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of synaptic transmission, cholinergic / serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / amyloid precursor protein metabolic process / acetylcholine binding / osteoblast development ...negative regulation of synaptic transmission, cholinergic / serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / amyloid precursor protein metabolic process / acetylcholine binding / osteoblast development / acetylcholine receptor signaling pathway / acetylcholinesterase activity / Synthesis of PC / basement membrane / regulation of receptor recycling / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / synaptic cleft / side of membrane / collagen binding / synapse assembly / laminin binding / positive regulation of protein secretion / neuromuscular junction / receptor internalization / nervous system development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / amyloid-beta binding / retina development in camera-type eye / hydrolase activity / cell adhesion / synapse / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H1R / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Liu, Q.F. / Yin, W.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Kinetics-Driven Drug Design Strategy for Next-Generation Acetylcholinesterase Inhibitors to Clinical Candidate.
著者: Zhou, Y. / Fu, Y. / Yin, W. / Li, J. / Wang, W. / Bai, F. / Xu, S. / Gong, Q. / Peng, T. / Hong, Y. / Zhang, D. / Zhang, D. / Liu, Q. / Xu, Y. / Xu, H.E. / Zhang, H. / Jiang, H. / Liu, H.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,6236
ポリマ－121,6512
非ポリマー1,9724
水88349
1
A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子

B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,6236
ポリマ－121,6512
非ポリマー1,9724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area3650 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area36530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.649, 104.649, 324.403
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 60825.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACHE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22303, acetylcholinesterase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-H1R / (2S)-2-[[4-fluoranyl-1-[(3-fluorophenyl)methyl]piperidin-4-yl]methyl]-5,6-dimethoxy-2,3-dihydroinden-1-one


分子量: 415.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27F2NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.16-0.22M potassium nitrate, 16-20% polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 60606 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 0.697 / Rpim(I) all: 0.168 / Rrim(I) all: 0.718 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 3.4 / Num. measured all: 1094103
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.712.66.78330080.5081.9447.0630.98199.9
2.7-2.7413.85.89229970.5461.66.1090.95699.9
2.74-2.815.15.60729310.6261.4585.7970.97399.9
2.8-2.8516.14.42430000.6721.1144.5650.968100
2.85-2.9217.43.99430020.8050.9734.1130.969100
2.92-2.9818.43.41329790.820.813.5090.996100
2.98-3.0619.12.74329920.8720.642.8170.974100
3.06-3.1419.42.23829850.9170.5182.2980.978100
3.14-3.2319.41.88329970.9120.4351.9340.985100
3.23-3.3419.21.33329850.9490.311.3690.998100
3.34-3.4618.91.0130170.9640.2371.0380.985100
3.46-3.616.80.66530240.9730.1660.6861.00399.9
3.6-3.76180.51129990.9790.1230.5261.004100
3.76-3.9620.60.38130250.9910.0850.3911.003100
3.96-4.2120.80.28430370.9930.0630.2911.016100
4.21-4.5320.40.19830580.9920.0450.2031.034100
4.53-4.9920.20.15330500.9940.0350.1571.037100
4.99-5.7119.40.15430790.9920.0350.1581.02100
5.71-7.19170.12131170.9930.030.1251.02299.9
7.19-5018.10.05533240.9960.0130.0561.061100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.57 Å49.8 Å
Translation4.57 Å49.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ey7

4ey7


解像度: 2.66→49.8 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 2738 4.92 %
Rwork0.1832 52969 -
obs0.185 55707 92.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.33 Å2 / Biso mean: 42.6802 Å2 / Biso min: 19.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8187 0 136 49 8372
Biso mean--49.44 38.35 -
残基数----1056
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.66-2.70.3294590.27581246130544
2.7-2.750.3083750.26481498157352
2.75-2.810.3108850.27311819190465
2.81-2.860.3407860.27072421250784
2.86-2.920.30841300.27472768289896
2.92-2.990.33731420.25422806294899
2.99-3.070.28091440.263628432987100
3.07-3.150.33461640.244628072971100
3.15-3.240.29521490.231128342983100
3.24-3.350.24851780.212128162994100
3.35-3.470.30211510.198828633014100
3.47-3.610.21571570.191928643021100
3.61-3.770.19851500.177128492999100
3.77-3.970.20221840.156128223006100
3.97-4.220.16161290.144729013030100
4.22-4.540.1661650.130828963061100
4.54-50.14741530.134828813034100
5-5.720.17751400.153329343074100
5.72-7.210.22121520.169229573109100
7.21-49.80.17411450.167331443289100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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