PDB-7d9o: Crystal Structure of Recombinant Human Acetylcholinesterase in Co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d9o

タイトル

Crystal Structure of Recombinant Human Acetylcholinesterase in Complex with Compound 2

要素

Acetylcholinesterase

キーワード

HYDROLASE / AchE inhibitor / complex structure

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of synaptic transmission, cholinergic / Neurotransmitter clearance / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / cholinesterase activity / serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / amyloid precursor protein metabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Liu, Q.F. / Yin, W.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Kinetics-Driven Drug Design Strategy for Next-Generation Acetylcholinesterase Inhibitors to Clinical Candidate.
著者: Zhou, Y. / Fu, Y. / Yin, W. / Li, J. / Wang, W. / Bai, F. / Xu, S. / Gong, Q. / Peng, T. / Hong, Y. / Zhang, D. / Zhang, D. / Liu, Q. / Xu, Y. / Xu, H.E. / Zhang, H. / Jiang, H. / Liu, H.

履歴

登録	2020年10月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d9o.cif.gz	257.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d9o.ent.gz	178.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7d9o_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7d9o_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7d9o_validation.xml.gz	38.7 KB	表示
CIF形式データ	7d9o_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d9pC 7d9qC 4ey7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ehq-d 6nto-1 6wvp-1 4b83-d 2h9y-d 2v97-d 6cqx-1 3lii-d 6wvc-1 4b81-d 2jgm-d 1j06-d 2jge-d 4ey5-d 5hfa-d 5fpq-2 2whp-d 4b85-d 4m0e-d 7d9q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (14) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (14)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetylcholinesterase

B: Acetylcholinesterase

ヘテロ分子

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylcholinesterase

ヘテロ分子

B: Acetylcholinesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.866, 104.866, 324.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質

Acetylcholinesterase / AChE

分子量: 60825.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACHE / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22303, acetylcholinesterase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-H0L / (2R)-2-[[4-fluoranyl-1-[(4-fluorophenyl)methyl]piperidin-4-yl]methyl]-5,6-dimethoxy-2,3-dihydroinden-1-one

分子量: 415.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₇F₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.16-0.22M potassium nitrate, 16-20% polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 76763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / B_iso Wilson estimate: 39.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.296 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.305 / Χ²: 1.094 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 1450100

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.45-2.49	14.7	2.81	3763	0.725	0.738	2.907	0.423	99.9
2.49-2.54	15.5	2.513	3755	0.755	0.645	2.597	0.433	100
2.54-2.59	18.8	2.241	3777	0.847	0.528	2.302	0.42	100
2.59-2.64	19.7	2.155	3792	0.841	0.496	2.212	0.427	100
2.64-2.7	20.1	1.736	3800	0.885	0.396	1.781	0.561	100
2.7-2.76	20.4	1.561	3787	0.908	0.352	1.6	0.429	100
2.76-2.83	20.2	1.307	3821	0.927	0.297	1.34	0.444	100
2.83-2.9	20	0.999	3769	0.961	0.228	1.025	0.448	100
2.9-2.99	19.8	0.79	3807	0.969	0.181	0.811	0.469	100
2.99-3.09	19.5	0.587	3805	0.98	0.136	0.603	0.502	100
3.09-3.2	19.4	0.457	3805	0.984	0.106	0.47	0.53	99.9
3.2-3.32	19	0.361	3797	0.984	0.085	0.371	0.61	100
3.32-3.48	18.4	0.284	3844	0.99	0.068	0.292	0.844	99.9
3.48-3.66	16.1	0.213	3815	0.991	0.054	0.22	1.067	100
3.66-3.89	19.4	0.19	3868	0.995	0.044	0.195	1.335	100
3.89-4.19	20.5	0.141	3871	0.996	0.032	0.145	1.585	100
4.19-4.61	20.2	0.117	3844	0.996	0.027	0.12	2.203	99.9
4.61-5.28	19.7	0.104	3901	0.997	0.024	0.106	2.224	100
5.28-6.65	18.5	0.101	3968	0.996	0.024	0.104	2.428	100
6.65-50	17.9	0.068	4174	0.997	0.016	0.07	4.087	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ey7

4ey7

解像度: 2.45→49.89 Å / SU ML: 0.2804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.7946
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2138	3839	5.01 %
R_work	0.1871	72824	-
obs	0.1884	76663	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8184	0	136	242	8562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	8645
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2311	11842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0755	1283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.333	3120

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.49	0.3244	118	0.282	2602	X-RAY DIFFRACTION	98.59
2.49-2.52	0.2859	131	0.269	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.55	0.2777	144	0.2519	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.59	0.3129	129	0.2447	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.59-2.63	0.2264	179	0.2406	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.67	0.2328	171	0.2334	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.67-2.71	0.2414	96	0.2323	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.76	0.2956	153	0.2317	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.76-2.81	0.2756	141	0.2228	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.86	0.2756	142	0.2244	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.86-2.92	0.2287	136	0.2255	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.92-2.99	0.2324	141	0.2169	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.05	0.2292	148	0.2288	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.05-3.13	0.2323	151	0.2241	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.13-3.22	0.2694	137	0.2169	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.22-3.31	0.226	131	0.2133	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.42	0.2227	123	0.1981	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.42-3.54	0.256	159	0.195	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.54-3.68	0.2182	129	0.182	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.85	0.1742	149	0.1723	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.85-4.05	0.2004	151	0.1506	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.3	0.1594	132	0.1485	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.3-4.64	0.1656	156	0.136	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.64-5.1	0.1671	143	0.1442	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1-5.84	0.1899	164	0.1605	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
5.84-7.35	0.2055	157	0.1746	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.36-49.89	0.186	128	0.1654	2993	X-RAY DIFFRACTION	99.9

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