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- PDB-7d9n: Crystal structure of a non-canonic progeria mutation S143F at lam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d9n
タイトルCrystal structure of a non-canonic progeria mutation S143F at lamin A/C and its structural implication to the premature aging
要素Lamin-A/C
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / nuclear lamin A/C / lamin S143F / intermediate filament / HGPS
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / ventricular cardiac muscle cell development / Breakdown of the nuclear lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear envelope organization / nuclear pore localization ...structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / ventricular cardiac muscle cell development / Breakdown of the nuclear lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear envelope organization / nuclear pore localization / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / nuclear lamina / XBP1(S) activates chaperone genes / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein localization to nucleus / nuclear migration / regulation of telomere maintenance / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / muscle organ development / intermediate filament / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / protein localization to nucleus / heterochromatin formation / regulation of cell migration / Meiotic synapsis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of protein stability / protein localization / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / protein import into nucleus / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nuclear envelope / site of double-strand break / cellular response to hypoxia / nuclear membrane / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Ahn, J. / Jung, S. / Ha, N.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C208513512 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1A4A101932211 韓国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of progeria mutant S143F lamin A/C reveals increased hydrophobicity driving nuclear deformation.
著者: Ahn, J. / Jeong, S. / Kang, S.M. / Jo, I. / Park, B.J. / Ha, N.C.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lamin-A/C
B: Lamin-A/C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3312
ポリマ－47,3312
非ポリマー00
水00
1
A: Lamin-A/C
B: Lamin-A/C

A: Lamin-A/C
B: Lamin-A/C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6624
ポリマ－94,6624
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area25060 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area54950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.808, 123.808, 458.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Lamin-A/C / 70 kDa lamin / Renal carcinoma antigen NY-REN-32


分子量: 23665.506 Da / 分子数: 2 / 変異: S143F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMNA, LMN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02545
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.1 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Tris-Hcl pH8 0.1 M Sodium citrate 18% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 16492 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 24.09
反射 シェル解像度: 4→4.07 Å / Num. unique obs: 14820 / CC1/2: 0.699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JLB

6jlb


解像度: 3.7→48.1 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3043 1648 9.99 %
Rwork0.2875 --
obs0.2892 16492 84.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→48.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3271 0 0 0 3271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5634386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.998451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.810.2761150.2948131X-RAY DIFFRACTION9
3.81-3.930.3223730.3093659X-RAY DIFFRACTION46
3.94-4.080.36841290.32491162X-RAY DIFFRACTION80
4.08-4.240.34421480.30611331X-RAY DIFFRACTION92
4.24-4.430.29951520.29651369X-RAY DIFFRACTION94
4.43-4.660.2871540.29621383X-RAY DIFFRACTION96
4.66-4.960.26631580.27531416X-RAY DIFFRACTION96
4.96-5.340.27711540.24851414X-RAY DIFFRACTION97
5.34-5.880.37981590.34661435X-RAY DIFFRACTION97
5.88-6.720.34661620.35851454X-RAY DIFFRACTION99
6.73-8.460.29231660.27451492X-RAY DIFFRACTION99
8.47-48.10.24291780.21581598X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1942-0.0589-0.47360.93090.02661.16790.06340.0303-0.0945-0.02880.0205-0.10230.08650.0918-0.01020.1760.014-0.09160.0528-0.00880.070295.854679.9241-51.9533
20.50130.4518-0.42890.6742-0.40970.42910.0685-0.09260.14740.0834-0.03740.1051-0.04940.0686-0.03140.3486-0.4792-0.02610.29510.00460.2067-11.72445.67489.2783
30.18860.2062-0.33140.15-0.22880.1799-0.0630.00670.12990.01670.12950.03180.0431-0.1155-0.03730.4132-0.47780.0880.36810.11210.246911.676124.4885-0.8723
40.0183-0.0119-0.0030.00770.0020.00050.00650.0510.1988-0.01320.03710.2697-0.1623-0.2216-0.04260.9112-0.069-0.0040.8799-0.00950.9191-89.7468-53.931464.6137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 229 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 30 through 224 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 225 through 230 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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