PDB-7d9g: SpdH Spermidine dehydrogenase native structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d9g

タイトル

SpdH Spermidine dehydrogenase native structure

要素

Spermidine dehydrogenase, SpdH

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SpdH / Spermidine dehydrogenase / Heme-containing monoamine oxidase / Pseudomonas aeruginosa PAO1.

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Che, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structure of Pseudomonas aeruginosa spermidine dehydrogenase: a polyamine oxidase with a novel heme-binding fold.
著者: Che, S. / Liang, Y. / Chen, Y. / Wu, W. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M.

履歴

登録	2020年10月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d9g.cif.gz	526.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d9g.ent.gz	383.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d9fSC 7d9hC 7d9iC 7d9jC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7d9i-2 7d9f-2 7d9h-2 7d9j-2 2xrz-1 4nhd-1 6fm1-d 2add-d 2gp4-1 7d9j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Spermidine dehydrogenase, SpdH

B: Spermidine dehydrogenase, SpdH

ヘテロ分子

141 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spermidine dehydrogenase, SpdH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
70.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Spermidine dehydrogenase, SpdH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.399, 85.731, 100.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.448, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Spermidine dehydrogenase, SpdH 分子量: 68951.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: spdH, PA3713 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXS8, EC: 1.5.99.6
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis tris pH 6.5, 20% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 45554 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.61 Å² / R_pim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2136 / R_pim(I) all: 0.241 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7D9F

7d9f

解像度: 2.4→49.78 Å / SU ML: 0.2944 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0415
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2465	3888	4.39 %
R_work	0.1832	84664	-
obs	0.1859	45510	98.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9240	0	192	597	10029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	9688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9876	13178
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0523	1357
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	1717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4513	3516

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3334	117	0.2654	2546	X-RAY DIFFRACTION	85.79
2.43-2.46	0.2739	135	0.2442	2847	X-RAY DIFFRACTION	91.25
2.46-2.49	0.3157	131	0.2409	2890	X-RAY DIFFRACTION	95.21
2.49-2.53	0.2629	138	0.2456	2979	X-RAY DIFFRACTION	97.28
2.53-2.56	0.3047	137	0.2378	3041	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.56-2.6	0.3105	139	0.234	3047	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.6-2.64	0.3588	141	0.2369	3042	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.64-2.68	0.2744	142	0.2283	3066	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.68-2.73	0.3007	140	0.2277	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.73-2.78	0.2676	144	0.2214	3095	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.78-2.83	0.2753	139	0.2203	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.83-2.89	0.3329	145	0.2211	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.89-2.95	0.2938	142	0.2132	3080	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.95-3.02	0.312	137	0.2189	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.02-3.1	0.2512	139	0.2059	3026	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.1-3.18	0.2784	142	0.2101	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.28	0.2364	139	0.1983	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.38	0.3174	141	0.1932	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.38-3.5	0.2852	142	0.1861	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.5-3.64	0.2269	139	0.1728	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.81	0.249	140	0.1623	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.01	0.2373	139	0.1572	3048	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.01-4.26	0.2042	141	0.1402	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.59	0.1477	142	0.127	3096	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.59-5.05	0.1878	138	0.1372	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.05-5.78	0.1847	135	0.1474	3076	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.78-7.28	0.2316	144	0.1618	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.28-49.78	0.1806	140	0.1413	3009	X-RAY DIFFRACTION	98.19

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.12575602794	0.231062551588	0.281787439128	0.378346177211	0.10427568841	0.315299128963	0.0617533119531	-0.0579190830842	-0.0374577860909	0.0428257452127	-0.0182407093167	-0.00973014273382	0.0205655715151	-0.0506575167738	-0.0432093772991	0.226866299566	2.75879688638E-5	0.00623662325257	0.22023110371	0.0238526222184	0.209603032366	-10.193663789	-7.91286127487	-7.66249352759
2	0.861635656962	0.021850637079	0.239982164205	0.380110958268	-0.0803223067003	0.38045037063	0.0195725411003	0.0586708409326	-0.0775181890724	-0.0394366214074	-0.00971638304584	0.0078958138545	0.0710355247554	0.0127972081071	-0.011533616193	0.204429408043	0.00140201219164	0.00107777086399	0.202379165265	5.48532826286E-5	0.240235418717	0.0919528680036	-3.84914039235	-55.4638921653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN 'A' AND RESID 33 THROUGH 619)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN 'B' AND RESID 32 THROUGH 619)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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