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- PDB-7d9c: Alpha-glucosidase from Weissella cibaria BBK-1 bound with maltose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d9c
タイトルAlpha-glucosidase from Weissella cibaria BBK-1 bound with maltose
要素Alpha-glycosidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / maltooligosaccharides / carbohydrate metabolism
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / alpha-maltose / beta-D-glucopyranose / alpha-D-glucopyranose
機能・相同性情報
生物種Weissella confusa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Krusong, K. / Wangpaiboon, K. / Kim, S. / Mori, T. / Hakoshima, T.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Other government タイ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: A GH13 alpha-glucosidase from Weissella cibaria uncommonly acts on short-chain maltooligosaccharides.
著者: Wangpaiboon, K. / Laohawuttichai, P. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Nakapong, S. / Pichyangkura, R. / Pongsawasdi, P. / Hakoshima, T. / Krusong, K.
履歴
登録2020年10月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glycosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,10813
ポリマ－68,3991
非ポリマー1,71012
水11,061614
1
A: Alpha-glycosidase
ヘテロ分子

A: Alpha-glycosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,21626
ポリマ－136,7972
非ポリマー3,41924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/41
Buried area10110 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area43390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.636, 115.636, 106.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

SO4

21A-1144-

HOH

31A-1246-

HOH

41A-1305-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-glycosidase


分子量: 68398.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Weissella confusa (バクテリア) / 遺伝子: C6P08_07940 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: alpha-glucosidase

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 623分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS MG_256496 FOR THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, dioxane, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→50 Å / Num. obs: 152899 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 14.46 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 48.34
反射 シェル解像度: 1.36→1.41 Å / Num. unique obs: 15113 / Rpim(I) all: 0.358 / Rrim(I) all: 0.946

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.0.069精密化
PHENIX1.17_3644精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D9B

7d9b


解像度: 1.36→26.76 Å / SU ML: 0.1112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.1479
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1534 7635 5 %
Rwork0.1396 145208 -
obs0.1403 152843 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→26.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4792 0 101 614 5507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01555218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43017148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1106770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6853709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.380.21662470.20744779X-RAY DIFFRACTION99.66
1.38-1.390.19812510.19014758X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.410.2032540.18014803X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.430.20032390.16254799X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.450.17162550.15484792X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.470.15762520.14024769X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.490.16242510.13344797X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.510.15832560.12864789X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.530.15012310.12734803X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.560.14852690.12294809X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.590.14382630.1214800X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.610.13762550.11354782X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.650.13452470.11264791X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.680.1312520.11454820X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.720.1342400.11124827X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.760.13242680.11524806X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.80.13382560.11294815X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.850.13142340.1154857X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.90.12872670.11194806X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.960.13252570.11644826X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.030.14262520.12074839X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.120.13162530.12094852X-RAY DIFFRACTION99.96
2.12-2.210.12622500.12764863X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.330.15572530.13164849X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.470.15822640.13944881X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.670.15362590.15374890X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.930.17522570.16644896X-RAY DIFFRACTION99.98
2.93-3.360.17322660.16254939X-RAY DIFFRACTION100
3.36-4.230.1522660.13414997X-RAY DIFFRACTION99.98
4.23-26.760.16352710.16165174X-RAY DIFFRACTION99.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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