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- PDB-7d9b: Crystal structure of alpha-glucosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d9b
タイトルCrystal structure of alpha-glucosidase
要素Alpha-glycosidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / maltooligosaccharides / carbohydrate metabolism
生物種Weissella cibaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Krusong, K. / Wangpaiboon, K. / Kim, S. / Mori, T. / Hakoshima, T.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Other government タイ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: A GH13 alpha-glucosidase from Weissella cibaria uncommonly acts on short-chain maltooligosaccharides.
著者: Wangpaiboon, K. / Laohawuttichai, P. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Nakapong, S. / Pichyangkura, R. / Pongsawasdi, P. / Hakoshima, T. / Krusong, K.
履歴
登録2020年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glycosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,29510
ポリマ－68,4001
非ポリマー8969
水8,683482
1
A: Alpha-glycosidase
ヘテロ分子

A: Alpha-glycosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,59120
ポリマ－136,7992
非ポリマー1,79218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/41
Buried area9600 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area42150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.503, 116.503, 106.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1006-

SO4

21A-1404-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-glycosidase


分子量: 68399.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Weissella cibaria (バクテリア) / 遺伝子: C6P22_07685 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 5種, 491分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS MG_256496 FOR THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, dioxane, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 99818 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.91 Å2 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 23.18
反射 シェル解像度: 1.58→1.69 Å / Num. unique obs: 36945 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.047

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.0.069精密化
PHENIX1.17_3644精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GVI

1gvi


解像度: 1.58→32.31 Å / SU ML: 0.1378 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.8107
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1763 4979 4.99 %
Rwork0.1454 94792 -
obs0.1469 99771 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→32.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4790 0 51 482 5323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01345114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20256981
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0762738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6248694
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.60.25871520.21782828X-RAY DIFFRACTION90
1.6-1.620.23351750.18683040X-RAY DIFFRACTION97.25
1.62-1.640.21551570.1613116X-RAY DIFFRACTION99.24
1.64-1.660.21551790.14213095X-RAY DIFFRACTION99.88
1.66-1.680.20011580.13273129X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.70.18751510.12623172X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.730.1771580.1233157X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.750.1871700.12493139X-RAY DIFFRACTION99.97
1.75-1.780.18561680.12053118X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.810.16371710.11893166X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.840.1951650.12753142X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.870.18051650.12193170X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.910.16871640.11913147X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.950.16741650.11693133X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.990.16381850.12163139X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.040.16971540.12233168X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.090.14851830.12513156X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.140.17771710.1273142X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.210.16651730.1363179X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.280.17711560.13353167X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.360.17381820.13463163X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.450.15931690.13613191X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.570.18431720.14733167X-RAY DIFFRACTION99.97
2.57-2.70.15691510.15163223X-RAY DIFFRACTION99.97
2.7-2.870.18071690.15053208X-RAY DIFFRACTION99.85
2.87-3.090.1841400.16043238X-RAY DIFFRACTION99.79
3.09-3.40.17191650.16143214X-RAY DIFFRACTION99.76
3.4-3.90.16441630.14473247X-RAY DIFFRACTION99.27
3.9-4.90.16561750.14333240X-RAY DIFFRACTION98.56
4.91-32.310.20741730.17913398X-RAY DIFFRACTION97.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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