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- PDB-7d8v: Crystal Structure of A Kinesin-3 KIF13B mutant-T192Y -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d8v
タイトルCrystal Structure of A Kinesin-3 KIF13B mutant-T192Y
要素Kinesin family member 13B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Kinesin / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoskeleton-dependent intracellular transport / paranode region of axon / microtubule motor activity / kinesin complex / regulation of axonogenesis / microtubule-based movement / microvillus / 14-3-3 protein binding ...Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoskeleton-dependent intracellular transport / paranode region of axon / microtubule motor activity / kinesin complex / regulation of axonogenesis / microtubule-based movement / microvillus / 14-3-3 protein binding / microtubule binding / microtubule / axon / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY ...Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Kinesin-associated / Kinesin-associated / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin family member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ren, J.Q. / Feng, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2021
タイトル: Motor domain-mediated autoinhibition dictates axonal transport by the kinesin UNC-104/KIF1A.
著者: Cong, D.Z. / Ren, J.Q. / Zhou, Y.R. / Wang, S. / Liang, J.J. / Ding, M. / Feng, W.
履歴
登録2020年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin family member 13B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6664
ポリマ－49,0921
非ポリマー5743
水2,036113
1
A: Kinesin family member 13B
ヘテロ分子

A: Kinesin family member 13B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3328
ポリマ－98,1852
非ポリマー1,1476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area4720 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area35700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.510, 87.510, 97.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Kinesin family member 13B


分子量: 49092.367 Da / 分子数: 1 / 変異: T192Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kif13b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G2K8Z9
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 0.1M Bis-Tris propane, 30% (w/v) PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→32.56 Å / Num. obs: 19638 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 40.537 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 1.059 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 961 / CC1/2: 0.725 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A1Z

6a1z


解像度: 2.3→29.92 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 986 5.03 %
Rwork0.182 18622 -
obs0.1848 19608 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.96 Å2 / Biso mean: 50.9832 Å2 / Biso min: 24.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2811 0 36 113 2960
Biso mean--45.43 48.7 -
残基数----365
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.420.27171370.228526162753
2.42-2.570.30771800.213326022782
2.57-2.770.25631320.204526092741
2.77-3.050.28221380.195726552793
3.05-3.490.26721240.181926562780
3.49-4.390.21581550.160726742829
4.4-29.920.211200.175228102930
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5775-1.1293-0.47482.56460.52813.02690.1645-0.09830.27370.0225-0.0891-0.0804-0.43380.0096-0.0910.3585-0.03910.03010.2848-0.06510.342-33.568927.66590.463
21.7372-0.5794-0.72461.35580.37114.58510.1798-0.0660.0135-0.1231-0.0963-0.0952-0.13690.2449-0.09690.2275-0.0394-0.01260.2584-0.010.2822-30.766111.2326-19.2943
30.1169-0.00460.61261.44450.13943.00380.0387-0.1791-0.04960.12890.03650.09510.0829-0.1867-0.07950.27890.00290.00150.358-0.00730.3607-26.82594.5258-13.8776
42.5728-1.2056-2.14770.95130.88831.3270.072-0.16030.2292-0.01610.1257-0.3096-0.00630.1682-0.19660.27940.0074-0.01560.453-0.07040.3252-13.521110.0221-12.319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 75 )A3 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 171 )A76 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 304 )A172 - 304
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 305 through 384 )A305 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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