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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d8g | ||||||
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タイトル | The crystal structure of nucleotide phosphatase Sa1684 from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | UPF0374 protein SA1684 | ||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / nucleotide phospatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside diphosphate phosphatase / nucleoside diphosphate phosphatase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Z. / Li, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural mechanism for the nucleoside tri- and diphosphate hydrolysis activity of Ntdp from Staphylococcus aureus. 著者: Wang, Z. / Shen, H. / He, B. / Teng, M. / Guo, Q. / Li, X. #1: ![]() タイトル: Novel Nucleoside Diphosphatase Contributes to Staphylococcus aureus Virulence 著者: Kenta, I. / Yuki, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21734.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: N315 / 遺伝子: SA1684 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.08 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG400, 0.1M sodium citrate pH 5.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98752 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 29587 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 27.25 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 1466 / CC1/2: 0.968 / % possible all: 95.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.17 Å2 / Biso mean: 14.504 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→30.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.501→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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