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- PDB-7d7s: HIV-1 SF2 Nef in complex with the Fyn SH3 R96I mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d7s
タイトルHIV-1 SF2 Nef in complex with the Fyn SH3 R96I mutant
要素
  • Protein Nef
  • Tyrosine-protein kinase Fyn
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex / mutant / kinase / SH3
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / host cell Golgi membrane / SH3 domain binding / virion component / endocytosis involved in viral entry into host cell / GTP binding / host cell plasma membrane ...activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / host cell Golgi membrane / SH3 domain binding / virion component / endocytosis involved in viral entry into host cell / GTP binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fyn/Yrk, SH3 domain / Grb2-like / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains ...Fyn/Yrk, SH3 domain / Grb2-like / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase Fyn / Protein Nef
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Aldehaiman, A. / Shahul Hamed, U.F. / Arold, S.T.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Synergy and allostery in ligand binding by HIV-1 Nef.
著者: Aldehaiman, A. / Momin, A.A. / Restouin, A. / Wang, L. / Shi, X. / Aljedani, S. / Opi, S. / Lugari, A. / Shahul Hameed, U.F. / Ponchon, L. / Morelli, X. / Huang, M. / Dumas, C. / Collette, Y. / Arold, S.T.
履歴
登録2020年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Nef
B: Protein Nef
C: Tyrosine-protein kinase Fyn
D: Tyrosine-protein kinase Fyn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6824
ポリマ－67,6824
非ポリマー00
水00
1
A: Protein Nef
D: Tyrosine-protein kinase Fyn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8412
ポリマ－33,8412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
2
B: Protein Nef
C: Tyrosine-protein kinase Fyn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8412
ポリマ－33,8412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.110, 122.110, 145.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

-
要素

#1: タンパク質 Protein Nef / 3'ORF / Negative factor / F-protein


分子量: 25585.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate ARV2/SF2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate ARV2/SF2 / 遺伝子: nef / プラスミド: pET23d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03407
#2: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Fyn


分子量: 8254.987 Da / 分子数: 2 / Mutation: R96I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FYN / プラスミド: pET42a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5RFS5

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.3246.97
22.3246.97
32.3246.97hexagonal crystal
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法4.50.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法4.50.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000
2933蒸気拡散法, シッティングドロップ法4.50.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日
詳細: focusing bimorph mirrors in Kirkpatrick-Baez (KB) configuration
放射モノクロメーター: cryogenically cooled channel-cut Si[111]
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→48.68 Å / Num. obs: 9209 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 155.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.218 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.219 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル解像度: 3.324→3.46 Å / 冗長度: 165.4 % / Rmerge(I) obs: 9.136 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 461 / CC1/2: 0.486 / Rpim(I) all: 0.71 / Rrim(I) all: 9.163 / % possible all: 42.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4d8d

4d8d


解像度: 3.32→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 109.02 / SU ML: 0.715 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 6.24 / ESU R Free: 0.609 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29953 923 10 %RANDOM
Rwork0.28616 ---
obs0.28763 8283 92.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 150.582 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20.49 Å20 Å2
2--0.98 Å2-0 Å2
3----3.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2737 0 0 0 2737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192833
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.8613859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0032.945835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3555322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73823.05141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.36415437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4451516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.324→3.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 22 -
Rwork0.389 178 -
obs--27.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.82320.2224-1.791315.2771.62676.07780.1503-1.5755-0.4362-2.3940.921-0.2921-0.14360.5788-1.07130.4233-0.10090.04710.58350.23390.513731.30539.556-18.348
23.52810.8003-0.719815.3188.38578.60050.56651.1142-0.2982-2.2255-1.50882.0057-2.1431-2.13910.94231.2850.4483-1.10141.73450.59831.69810.5527.634-35.119
38.24540.6725-5.074710.15773.097510.872-0.46980.8374-0.766-0.6912-0.44220.82520.6454-1.26490.9120.6323-0.092-0.47240.64430.29360.923124.4774.703-37.388
49.35330.8553-0.681719.03890.083611.49220.4479-1.36140.31152.4723-0.48081.81290.1866-0.55550.0330.3462-0.01330.28041.490.37211.138511.3746.202-0.317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A74 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2B74 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3C84 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4D84 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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