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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d7q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the transmembrane domain and linker region of Salpingoeca rosetta rhodopsin phosphodiesterase | ||||||
![]() | Phosphodiesterase | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / microbial rhodopsin / eight-transmembrane / light-dependent phosphodiesterase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / regulation of signal transduction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ikuta, T. / Shihoya, W. / Yamashita, K. / Nureki, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the mechanism of rhodopsin phosphodiesterase. 著者: Ikuta, T. / Shihoya, W. / Sugiura, M. / Yoshida, K. / Watari, M. / Tokano, T. / Yamashita, K. / Katayama, K. / Tsunoda, S.P. / Uchihashi, T. / Kandori, H. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7cj3SC ![]() 7d7pC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39263.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PTSG_02023 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: F2TZN0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-OLC / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5 詳細: 25% (w/v) PEG 500DME, 100mM Na-citrate, pH 5.0, 100mM NaK-tartrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→49.4 Å / Num. obs: 13712 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.55 % / Biso Wilson estimate: 49.61 Å2 / CC1/2: 0.934 / Rrim(I) all: 0.673 / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.71 Å / Num. unique obs: 2147 / CC1/2: 0.393 / Rrim(I) all: 2.868 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7CJ3 解像度: 3.5→49.4 Å / SU ML: 0.4813 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3612 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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