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万見
- PDB-7d7d: CryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d7d
タイトルCryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • DNA (nontemplate strand)
  • DNA (template strand)
  • DNA polymerase clamp
  • RNA polymerase-associated protein Gp33
  • gp55
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


late viral transcription / transcription regulator activator activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...late viral transcription / transcription regulator activator activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Late transcription coactivator / Phage late-transcription coactivator superfamily / Late transcription coactivator, myovirus / Phage late-transcription coactivator / Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / : ...Late transcription coactivator / Phage late-transcription coactivator superfamily / Late transcription coactivator, myovirus / Phage late-transcription coactivator / Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / : / : / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / Sliding clamp / Late transcription coactivator / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli 1-392-07_S4_C3 (大腸菌)
Escherichia virus T4 (ウイルス)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Shi, J. / Wen, A. / Jin, S. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970040 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Transcription activation by a sliding clamp.
著者: Jing Shi / Aijia Wen / Sha Jin / Bo Gao / Yang Huang / Yu Feng /
要旨: Transcription activation of bacteriophage T4 late genes is accomplished by a transcription activation complex containing RNA polymerase (RNAP), the promoter specificity factor gp55, the coactivator ...Transcription activation of bacteriophage T4 late genes is accomplished by a transcription activation complex containing RNA polymerase (RNAP), the promoter specificity factor gp55, the coactivator gp33, and a universal component of cellular DNA replication, the sliding clamp gp45. Although genetic and biochemical studies have elucidated many aspects of T4 late gene transcription, no precise structure of the transcription machinery in the process is available. Here, we report the cryo-EM structures of a gp55-dependent RNAP-promoter open complex and an intact gp45-dependent transcription activation complex. The structures reveal the interactions between gp55 and the promoter DNA that mediate the recognition of T4 late promoters. In addition to the σR2 homology domain, gp55 has a helix-loop-helix motif that chaperons the template-strand single-stranded DNA of the transcription bubble. Gp33 contacts both RNAP and the upstream double-stranded DNA. Gp45 encircles the DNA and tethers RNAP to it, supporting the idea that gp45 switches the promoter search from three-dimensional diffusion mode to one-dimensional scanning mode.
履歴
登録2020年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30605
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
T: DNA (template strand)
F: gp55
N: DNA (nontemplate strand)
K: RNA polymerase-associated protein Gp33
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
G: DNA polymerase clamp
H: DNA polymerase clamp
I: DNA polymerase clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)540,50615
ポリマ－540,35112
非ポリマー1553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area47150 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area194110 Å2

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U9ZUN7, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 1-392-07_S4_C3 (大腸菌)
遺伝子: rpoB, AD40_4833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080FHH4, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Y6A2, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A070UPX4, DNA-directed RNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TN

#4: DNA鎖 DNA (template strand)


分子量: 18203.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia virus T4 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia virus T4 (ウイルス)
#6: DNA鎖 DNA (nontemplate strand)


分子量: 18155.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus T4 (ウイルス)

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タンパク質 , 3種, 5分子 FKGHI

#5: タンパク質 gp55


分子量: 21565.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia virus T4 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: タンパク質 RNA polymerase-associated protein Gp33


分子量: 15014.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13338
#9: タンパク質 DNA polymerase clamp / DNA polymerase accessory protein 45 / DNA polymerase sliding clamp / Gp45


分子量: 25952.377 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04525

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非ポリマー , 2種, 3分子

#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: gp45-dependent transcription activation complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 59 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8981 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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