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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d7c | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of gp55-dependent RNA polymerase-promoter open complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Shi, J. / Wen, A. / Jin, S. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Transcription activation by a sliding clamp. 著者: Jing Shi / Aijia Wen / Sha Jin / Bo Gao / Yang Huang / Yu Feng / ![]() 要旨: Transcription activation of bacteriophage T4 late genes is accomplished by a transcription activation complex containing RNA polymerase (RNAP), the promoter specificity factor gp55, the coactivator ...Transcription activation of bacteriophage T4 late genes is accomplished by a transcription activation complex containing RNA polymerase (RNAP), the promoter specificity factor gp55, the coactivator gp33, and a universal component of cellular DNA replication, the sliding clamp gp45. Although genetic and biochemical studies have elucidated many aspects of T4 late gene transcription, no precise structure of the transcription machinery in the process is available. Here, we report the cryo-EM structures of a gp55-dependent RNAP-promoter open complex and an intact gp45-dependent transcription activation complex. The structures reveal the interactions between gp55 and the promoter DNA that mediate the recognition of T4 late promoters. In addition to the σR2 homology domain, gp55 has a helix-loop-helix motif that chaperons the template-strand single-stranded DNA of the transcription bubble. Gp33 contacts both RNAP and the upstream double-stranded DNA. Gp45 encircles the DNA and tethers RNAP to it, supporting the idea that gp45 switches the promoter search from three-dimensional diffusion mode to one-dimensional scanning mode. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 594.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 474.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 3種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, AD40_4833 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#4: DNA鎖 | 分子量: 18203.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 18155.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#5: タンパク質 | 分子量: 21565.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#8: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: gp55-dependent RNA polymerase-promoter open complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57776 / 対称性のタイプ: POINT |