PDB-7d6y: eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d6y

タイトル

eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E
VH Domain (1C5)

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / VH domain / Cap-Dependent Translation

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / RNA cap binding / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Deadenylation of mRNA / mRNA cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.668 Å

データ登録者

Brown, C.J. / Frosi, Y. / Jiang, S. / Lin, Y.C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineering Disulphide-Free Autonomous Antibody VH Domains to modulate intracellular pathways
著者: Frosi, Y. / Lin, Y.C. / Jiang, S. / Ramlan, S.R. / Hew, K. / Asial, I. / Engman, A.H. / Goh, M. / Thean, D. / Nordlund, P. / Lane, D.P. / Brown, C.J.

履歴

登録	2020年10月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d6y.cif.gz	92.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d6y.ent.gz	64.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7d6y_validation.pdf.gz	805.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7d6y_full_validation.pdf.gz	805.8 KB	表示
XML形式データ	7d6y_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	7d6y_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v8wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7d8b-1 7d8b-2 4l9w-2 3dxc-d 1orh-d 1tdf-d 6yr8-d 1z15-d 6t4e-d 4r8v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (16) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (16)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (3)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: VH Domain (1C5)

ヘテロ分子

43 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	198.848, 45.324, 39.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.192, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein 分子量: 25130.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質	VH Domain (1C5) 分子量: 17154.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-MGO / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE 分子量: 537.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₄O₁₄P₃
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (w/v) PEG 6000, 0.01-02 M Ammonium Sulphate, 100mM Tris, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.668→44.229 Å / Num. obs: 41261 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 3.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.67→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5689

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V8W

2v8w

解像度: 1.668→44.226 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 2.24 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	2061	4.995 %
R_work	0.1815	39200	-
all	0.183	-	-
obs	-	41261	99.441 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.212 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	0 Å²	-0.241 Å²
2-	-	0.051 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.491 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.668→44.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2484	0	45	408	2937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	1.639	3593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.261	1.587	5576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.082	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.413	21.594	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.016	15	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.256	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	646
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.695	1.146	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.681	1.142	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.241	1.71	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.232	1.709	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.786	1.246	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.786	1.244	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.348	1.826	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.348	1.827	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.241	14.421	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.24	14.426	3099

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.668-1.711	0.305	137	0.294	2649	X-RAY DIFFRACTION	92.374
1.711-1.758	0.26	162	0.25	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.758-1.809	0.282	152	0.234	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.809-1.865	0.246	142	0.222	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.865-1.926	0.216	154	0.199	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.926-1.993	0.226	121	0.191	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.993-2.068	0.202	110	0.182	2417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.068-2.153	0.226	113	0.177	2337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.153-2.249	0.187	103	0.163	2237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.249-2.358	0.203	106	0.167	2142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.358-2.486	0.206	110	0.17	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.486-2.636	0.221	121	0.178	1909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.636-2.818	0.251	108	0.172	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.818-3.044	0.177	98	0.158	1688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.044-3.334	0.197	74	0.172	1568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.334-3.727	0.161	82	0.154	1401	X-RAY DIFFRACTION	100
3.727-4.303	0.136	47	0.145	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
4.303-5.267	0.154	55	0.151	1062	X-RAY DIFFRACTION	100
5.267-7.439	0.239	38	0.198	855	X-RAY DIFFRACTION	100
7.439-44.226	0.152	28	0.229	480	X-RAY DIFFRACTION	99.8035

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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