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- PDB-7d6j: Human serum albumin complexed with benzbromarone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d6j
タイトルHuman serum albumin complexed with benzbromarone
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human serum albumin / drug complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bilirubin transport / Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / molecular carrier activity / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME ...bilirubin transport / Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / molecular carrier activity / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / Scavenging of heme from plasma / toxic substance binding / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / response to nutrient levels / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Platelet degranulation / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / : / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R75 / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Kawai, A. / Yamasaki, K.
引用ジャーナル: Mol Pharm. / 年: 2021
タイトル: Interaction of Benzbromarone with Subdomains IIIA and IB/IIA on Human Serum Albumin as the Primary and Secondary Binding Regions.
著者: Yamasaki, K. / Kawai, A. / Sakurama, K. / Udo, N. / Yoshino, Y. / Saito, Y. / Tsukigawa, K. / Nishi, K. / Otagiri, M.
履歴
登録2020年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,53510
ポリマ－133,1422
非ポリマー3,3938
水00
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2685
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,6964
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2685
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,6964
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.372, 179.727, 59.658
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.231, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-R75 / [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone / Benzbromarone


分子量: 424.083 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12Br2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗不整脈薬, 阻害剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 34% PEG 3350, 50mM K phosphate buffer pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→50 Å / Num. obs: 17867 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 120.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 12.97
反射 シェル解像度: 3.29→3.49 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 2849 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YOQ

5yoq


解像度: 3.29→48.47 Å / SU ML: 0.5928 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 39.3232
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3205 894 5.01 %
Rwork0.2712 16962 -
obs0.2738 17856 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 106.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→48.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7288 0 176 0 7464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00157614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.403110488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03541235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361417
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.57472432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.29-3.50.40881480.35892806X-RAY DIFFRACTION99.06
3.5-3.770.38181480.3342817X-RAY DIFFRACTION99.63
3.77-4.150.34741490.30272818X-RAY DIFFRACTION99.76
4.15-4.750.33071480.28252825X-RAY DIFFRACTION99.6
4.75-5.980.34841510.30932855X-RAY DIFFRACTION99.77
5.98-48.470.27281500.21742841X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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