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- PDB-7d5j: CRYSTAL STRUCTURE OF R220A VARIANT PENA BETA-LACTAMASE FROM BURKH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d5j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF R220A VARIANT PENA BETA-LACTAMASE FROM BURKHOLDERIA MULTIVORANS
要素PenA Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / drug-resistant / antibiotics
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Nukaga, M. / Hoshino, T. / Papp-Wallace, K.M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K07484 日本
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Assessing the Potency of beta-Lactamase Inhibitors with Diverse Inactivation Mechanisms against the PenA1 Carbapenemase from Burkholderia multivorans .
著者: Nukaga, M. / Yoon, M.J. / Taracilia, M.A. / Hoshino, T. / Becka, S.A. / Zeiser, E.T. / Johnson, J.R. / Papp-Wallace, K.M.
履歴
登録2020年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PenA Beta-lactamase
B: PenA Beta-lactamase
C: PenA Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6166
ポリマ－95,0313
非ポリマー5863
水12,863714
1
A: PenA Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8722
ポリマ－31,6771
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PenA Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8722
ポリマ－31,6771
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PenA Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8722
ポリマ－31,6771
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.343, 71.158, 84.541
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.045, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-455-

HOH

21A-620-

HOH

31A-644-

HOH

41A-645-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PenA Beta-lactamase


分子量: 31676.922 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R220A variant
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア)
遺伝子: PenA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3KN52, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 250microL reservoir (25% polyethylene glycol 8kDa (PEG 8000), 0.1 M MES at pH 6.5)), 4microL hanging drop (7.5 mg/ml protein, 12.5% PEG 8000, 0.05M MES at pH 6.5). Adding Acetone to the drop ...詳細: 250microL reservoir (25% polyethylene glycol 8kDa (PEG 8000), 0.1 M MES at pH 6.5)), 4microL hanging drop (7.5 mg/ml protein, 12.5% PEG 8000, 0.05M MES at pH 6.5). Adding Acetone to the drop (final 4%) improved the crystal size and shape.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→42.27 Å / Num. obs: 114986 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.51→1.53 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5243 / Rpim(I) all: 0.218 / Rrim(I) all: 0.427 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W4Q

3w4q


解像度: 1.51→42.27 Å / SU ML: 0.1358 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 19.7586
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1928 5670 5 %
Rwork0.1737 107745 -
obs0.1747 113415 98.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→42.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5730 0 36 714 6480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00525871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82918028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.56562073
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.51-1.520.2771650.26533122X-RAY DIFFRACTION86.91
1.52-1.540.29921890.2333600X-RAY DIFFRACTION97.5
1.54-1.560.22111890.19263588X-RAY DIFFRACTION99.66
1.56-1.580.22331930.19093656X-RAY DIFFRACTION99.53
1.58-1.60.19361900.17953603X-RAY DIFFRACTION99.48
1.6-1.620.25091940.18953684X-RAY DIFFRACTION99.74
1.62-1.650.21421870.1843566X-RAY DIFFRACTION99.79
1.65-1.670.21141920.18313639X-RAY DIFFRACTION99.82
1.67-1.70.2361920.18823643X-RAY DIFFRACTION99.87
1.7-1.720.21911910.18553631X-RAY DIFFRACTION99.64
1.72-1.750.22561910.18243647X-RAY DIFFRACTION99.71
1.75-1.790.21371910.17763633X-RAY DIFFRACTION99.74
1.79-1.820.20471910.1793627X-RAY DIFFRACTION99.71
1.82-1.860.21311880.18983577X-RAY DIFFRACTION99.74
1.86-1.90.2071920.18293635X-RAY DIFFRACTION99.15
1.9-1.940.23331840.19183507X-RAY DIFFRACTION95.4
1.94-1.990.21521900.17483601X-RAY DIFFRACTION99.01
1.99-2.040.16671940.16943678X-RAY DIFFRACTION99.51
2.04-2.10.23451750.19313347X-RAY DIFFRACTION92.17
2.1-2.170.20261900.17253615X-RAY DIFFRACTION99.01
2.17-2.250.19261840.17513492X-RAY DIFFRACTION95.63
2.25-2.340.21331860.18123515X-RAY DIFFRACTION96.25
2.34-2.450.19751920.17283660X-RAY DIFFRACTION99.3
2.45-2.580.17621900.17153615X-RAY DIFFRACTION98.86
2.58-2.740.21071890.17733587X-RAY DIFFRACTION97.65
2.74-2.950.19371910.17283619X-RAY DIFFRACTION98.7
2.95-3.240.16621940.16953696X-RAY DIFFRACTION99.59
3.24-3.710.16721880.15453574X-RAY DIFFRACTION97.92
3.71-4.680.13741920.14843638X-RAY DIFFRACTION98.18
4.68-42.270.17981960.16533750X-RAY DIFFRACTION99.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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