+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d53 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SpuA mutant - H221N with Glu | |||||||||
要素 | Probable glutamine amidotransferase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / SpuA / gama-glutamyl-gama-aminobutyrate hydrolase / glutamine amidotransferase / Pseudomonas aeruginosa PAO1. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase activity / spermidine catabolic process / polyamine catabolic process / glutamine metabolic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Zhang, Q. / Bartlam, M. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Structure and mechanism of the gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase SpuA from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Chen, Y. / Jia, H. / Zhang, J. / Liang, Y. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d53.cif.gz | 456.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7d53.ent.gz | 301.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d53.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7d53_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7d53_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7d53_validation.xml.gz | 47.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7d53_validation.cif.gz | 70.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/7d53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/7d53 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26482.100 Da / 分子数: 4 / 変異: H221N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: spuA, PA0297 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I6J4 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GLU / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 120939 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 22.93 Å2 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 27.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5983 / Rpim(I) all: 0.359 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7D4R 解像度: 1.6→30.61 Å / SU ML: 0.1507 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.7517 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.61 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|