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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d4d | ||||||
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タイトル | Structure of L-lysine oxidase precursor in complex with L-lysine (1.24M) | ||||||
![]() | L-Lysine alpha-oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / L-amino acid oxidase | ||||||
機能・相同性 | L-amino-acid oxidase activity / amino acid catabolic process / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / LYSINE / L-Lysine alpha-oxidase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kitagawa, M. / Ito, N. / Matsumoto, Y. / Inagaki, K. / Imada, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of enzyme activity regulation by the propeptide of l-lysine alpha-oxidase precursor from Trichoderma viride . 著者: Kitagawa, M. / Ito, N. / Matsumoto, Y. / Saito, M. / Tamura, T. / Kusakabe, H. / Inagaki, K. / Imada, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 866.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 869.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69569.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-LYS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH8.0 and 2.1 M Potassium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月26日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→94.4 Å / Num. obs: 25914 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.17 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2533 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.304 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3X0V 解像度: 2.29→75.918 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→75.918 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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